| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,679,422 | T→C | S2P (TCC→CCC) | kdgK → | 2‑dehydro‑3‑deoxygluconokinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,679,422 | 0 | T | C | 99.4% | 1862.5 / NA | 506 | S2P (TCC→CCC) | kdgK | 2‑dehydro‑3‑deoxygluconokinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (285/216); minor base A (3/0); total (290/216) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 517 total aligned reads displayed.
CTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATCAGGTTCACGACTATGTCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCATTAAC > NC_000913/3679285‑3679558 | cACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATCAGGTTCACGACTATGCCCaa > 1:5344199/1‑140 (MQ=255) tCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTTCAGATCCGGTTCACGACTATGCCCaaaaa > 1:2564514/1‑140 (MQ=255) tCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATCAGGTTCACGACTATGCCCaaaaa > 1:4726667/1‑140 (MQ=255) cacaACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATCAGGTTCACGACTATGCCCAAAAAGa > 2:5560558/1‑140 (MQ=255) 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2:830159/1‑140 (MQ=255) ttCACGACTATGCCCCAAAAGATTGCCGTCATTGGCGTATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTAGATCCTGc < 1:2008415/140‑1 (MQ=255) aCGACTATGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGc < 2:734202/140‑1 (MQ=255) cGACTATGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGc < 1:4025574/139‑1 (MQ=255) cGACTATGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCa > 1:6522333/1‑140 (MQ=255) cGACTATGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCa > 1:1520383/1‑140 (MQ=255) cGACTATGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCa > 1:1198208/1‑140 (MQ=255) aTGCCCAAAAAGATTTCCGTGATTGACGAGTGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCATTAAc < 1:2690535/140‑1 (MQ=255) aTGCCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCATTAAc < 1:59024/140‑1 (MQ=255) aTGCCCAAAAAGATTCCCGTGATTGCCGATTGCATGAATGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCATTAAc < 1:3311190/140‑1 (MQ=255) | CTCACTCCACAACGGAATCTTTCAGGAATACGTTCTGGCTCAAAAAAATAATGGAACACTGTTTTAATATGGTTGACCAGCAAACCACCACAGCGCAAACTAACGCTAATTTTTTACAGATCAGGTTCACGACTATGTCCAAAAAGATTGCCGTGATTGGCGAATGCATGATTGAGCTTTCCGAGAAAGGCGCGGACGTTAAGCGCGGTTTCGGCGGCGATACCCTGAACACTTCCGTCTATATCGCCCGTCAGGTCGATCCTGCGGCATTAAC > NC_000913/3679285‑3679558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |