| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,245,645 | A→G | S259P (TCC→CCC) | malE ← | maltose ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,245,645 | 0 | A | G | 99.7% | 1290.5 / ‑5.6 | 357 | S259P (TCC→CCC) | malE | maltose ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (156/199); total (157/200) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 | |||||||||||
Only 100 of 362 total aligned reads displayed.
CTCTTTCGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTCGCCTTTATTAAAGGCAGCTTCTGCGATGGAGTAATCGGTGTCTGCATTCATGTGTTTGTTTTTAATCAGGTCAACCAGGAAGGTCAGACCCGCTTTCGCG > NC_000913/4245508‑4245781 | tctTTCGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCa < 1:1747807/140‑1 (MQ=255) tctTTCGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCa < 2:5227636/140‑1 (MQ=255) tCGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGTGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCTCTTGGCTGGTGTCAATGTTGGGCCATGcc > 1:2528678/1‑140 (MQ=255) cGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGccc < 2:6561705/140‑1 (MQ=255) cGCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGACCATGccc > 2:6958846/1‑140 (MQ=255) gCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATGCCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTGGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATCTTGGGCCATGCCCa < 2:4639468/140‑1 (MQ=255) gCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCa < 1:1175581/140‑1 (MQ=255) gCCAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCa < 2:6333107/140‑1 (MQ=255) gCCAGCTCTTTGTTCAGACTGGTGGGGTTAATACCTGGGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCa < 1:2715826/140‑1 (MQ=255) ccAGCTCTTTGTTCGGACTGGCGGCGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCAc < 1:4226067/140‑1 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ggcggcGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGTTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGCCGACGTTAGGCCATGCACACGTGCCGTTGATGGTCATCg > 2:2569884/1‑140 (MQ=255) ggcggcGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCg < 1:4757640/140‑1 (MQ=255) ggcggcGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCg < 2:402375/140‑1 (MQ=255) ggcggcGTTAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCg < 2:1369376/140‑1 (MQ=255) cgTTAATACCTGCGCTCAGCACACCTACGCACGGTTTTGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGCAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGtt < 1:2087802/140‑1 (MQ=255) ttAATACCTGCGCTCAGCACGCCAACGAACGGTTTGGATGGTTGACCCTTGAAGGTCGGTAGTACCGTTACACCATAATTCACTTTGCTGGTGTCGATGTTGGGCCATGCCCACGGGCCGTTGATGGTCATCGCTGTTTc < 1:1582353/140‑1 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |