| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 831,276 | T→C | R135R (CGT→CGC) | rhlE → | ATP‑dependent RNA helicase RhlE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 831,276 | 0 | T | C | 99.7% | 1341.4 / NA | 364 | R135R (CGT→CGC) | rhlE | ATP‑dependent RNA helicase RhlE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (187/176); minor base A (0/1); total (187/177) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 366 total aligned reads displayed.
AGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGAAG > NC_000913/831140‑831411 | aTTGGCGAAAACGTCCGTGATTCCAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCACAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCt < 2:3208775/140‑1 (MQ=255) aTTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCt < 2:3817029/140‑1 (MQ=255) aaaaCGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTg < 2:4013664/140‑1 (MQ=255) aaaCGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAGCATTCGTGCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTgg < 1:3406240/140‑1 (MQ=255) aaaCGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTgg < 1:6550878/140‑1 (MQ=255) aCGTCCGTGATTACAGCAAATAGCTGAACATTCGTTCCCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGaa < 1:3573639/140‑1 (MQ=255) aCGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGTGGCGTTGAGGTGGTGGTGGCAACCCAGGGAGGCTTGCTGGACCTGGaa > 2:2290082/1‑140 (MQ=255) aCGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGaa < 1:3789708/140‑1 (MQ=255) cGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCa < 1:5538042/140‑1 (MQ=255) cAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAg < 2:5017613/140‑1 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(MQ=255) cGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGAACGCGTGGTCGACAAGGGCTTTATCCACGa > 1:2339309/1‑140 (MQ=255) cGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGAAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATcc > 2:5108007/1‑136 (MQ=255) cGTGGCGGCATTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGa > 1:1434502/1‑140 (MQ=255) gTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGa > 2:5274902/1‑139 (MQ=255) tGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCCTCCTCGATAAAGTTGATCGCATGCTGGACACGGGCTTTATCCACGata > 2:2862105/1‑140 (MQ=255) cgTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCt > 2:1495757/1‑122 (MQ=255) gATGTGCTGGTGGCACCCCCGGTACACTTACTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCgt < 1:2702970/140‑1 (MQ=255) gATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCgt < 1:4873714/140‑1 (MQ=255) tgtgCTGGTGGCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCgtgt < 2:7230918/140‑1 (MQ=255) ggtggCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACaa > 2:6341279/1‑140 (MQ=255) gtggCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACaaa > 1:4400120/1‑140 (MQ=255) gtggCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACaaa < 2:212599/140‑1 (MQ=255) ggCAACCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCGTGCTCGACGTGGGCTTGATCCACGATATCCATCGCGTGTTAACAAAAc > 2:2431943/1‑140 (MQ=255) aaCCCCGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTAc > 2:833081/1‑140 (MQ=255) ccccGGGACGCTTGCTGTACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGACCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCt > 2:5914978/1‑140 (MQ=255) ccccGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCt > 1:6390631/1‑140 (MQ=255) cGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGAcc > 2:4189316/1‑81 (MQ=255) cGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGAcc < 1:4189316/81‑1 (MQ=255) cGGGACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCg > 2:4612471/1‑140 (MQ=255) ggACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGaa < 1:833081/140‑1 (MQ=255) gACGCTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGAAg > 1:6985026/1‑140 (MQ=255) | AGATTGGCGAAAACGTCCGTGATTACAGCAAATACCTGAACATTCGTTCGCTGGTGGTGTTTGGTGGTGTGAGTATTAACCCGCAGATGATGAAACTGCGTGGCGGCGTTGATGTGCTGGTGGCAACCCCGGGACGTTTGCTGGACCTGGAACATCAGAATGCAGTGAAGCTGGATCAGGTTGAAATCCTCGTCCTCGATGAAGCTGACCGCATGCTCGACATGGGCTTTATCCACGATATCCGTCGCGTGTTAACAAAACTACCTGCGAAG > NC_000913/831140‑831411 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |