Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,000,872 | A→G | T553A (ACG→GCG) | elfC → | putative fimbrial usher protein ElfC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,000,872 | 0 | A | G | 99.8% | 1767.0 / NA | 487 | T553A (ACG→GCG) | elfC | putative fimbrial usher protein ElfC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (231/255); minor base C (1/0); total (232/255) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 507 total aligned reads displayed.
TTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTA > NC_000913/1000735‑1001008 | tttACACCAAACGTGCCAAACTACACGTCCATATCTCACAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAAcgcg < 1:2948257/140‑1 (MQ=255) tACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCa < 1:5978152/140‑1 (MQ=255) acacCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCaa > 2:6635512/1‑140 (MQ=255) aaaCGTGGCAAACTGCAGGTCATTATCTCCCTGCACTTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTaa < 2:2710953/140‑1 (MQ=255) aaaCGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTaa < 2:790503/140‑1 (MQ=255) aaCGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTaaa > 2:4759274/1‑140 (MQ=255) aaCGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTAAAACGCGCAAATTaaa > 1:3034707/1‑140 (MQ=255) tGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCAAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACGGTTTGGCGACAGCGGGCAAATAAAAGATCTTTCGCTg > 1:2064589/1‑140 (MQ=255) ggTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGa < 1:167592/140‑1 (MQ=255) tatCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCt < 2:4960152/140‑1 (MQ=255) tctcCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTgg < 1:5783677/140‑1 (MQ=255) cccAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGaa < 1:370709/139‑1 (MQ=255) cccAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAAc < 2:6031615/140‑1 (MQ=255) cccAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAAc > 1:5496595/1‑140 (MQ=255) cccAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTGGGCTACAAGGCGGAAAATAAAGATCTTTCGGTGGGGATTTCCTGGAAc > 2:2241653/1‑140 (MQ=255) cccAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGGAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGaa > 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aCGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGt < 2:5114141/140‑1 (MQ=255) aCGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGt < 1:6584647/140‑1 (MQ=255) aCGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGt < 1:6075913/140‑1 (MQ=255) aCGGTTCGTTTTATTAAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGt < 1:2789601/140‑1 (MQ=255) ttCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGATGGCGATATCCTGGAAGTACACTAAGTCCCGTGGTCAAc > 2:2108207/1‑140 (MQ=255) tCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAAcc < 1:7551442/140‑1 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2:2186987/140‑1 (MQ=255) gCTACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGAt > 2:5611321/1‑140 (MQ=255) tACAACGCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAg < 1:4770309/140‑1 (MQ=255) aacgCGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCta > 2:949821/1‑140 (MQ=255) | TTTACACCAAACGTGGCAAACTGCAGGTCAATATCTCCCAGCAATTAGGCGAGTACGGTTCGTTTTATTTAAGTGGTAGCCAGCAAACTTACTGGCATACGGATCAACAGGATCGGCTATTACAGTTTGGCTACAACACGCAAATTAAAGATCTTTCGCTGGGGATTTCCTGGAACTACAGTAAGTCCCGTGGTCAACCTGATGCTGATCAGGTGTTTGCTCTAAATTTTTCCCTGCCGCTCAATCTGTTGCTCCCCAGAAGTAATGATAGCTA > NC_000913/1000735‑1001008 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |