| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,576,542 | T→C | T360A (ACA→GCA) | yddB ← | putative TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 1,576,542 | 0 | T | C | 99.8% | 1603.1 / NA | 430 | T360A (ACA→GCA) | yddB | putative TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (184/244); total (185/245) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 437 total aligned reads displayed.
AAGTAGGGTTGATGCGAAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTAT > NC_000913/1576406‑1576676 | ttGATGCGAAACATTTCCCACGCCGGATTCTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGtt < 1:2721355/140‑1 (MQ=255) ttGATGCGAAACATTACGCACGGCGAATTTATGCCTGTCGAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGtt < 2:3493462/140‑1 (MQ=255) ttGATGCGAAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGtt < 1:7405652/140‑1 (MQ=255) gATGCGAAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCTACGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGTTCg > 2:1356651/1‑140 (MQ=255) 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1:2534459/140‑1 (MQ=255) ggTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCatat > 2:7176920/1‑140 (MQ=255) aaCGCCCTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCg > 2:5522660/1‑126 (MQ=255) gCCCTGTAGTATCACCGCATGCACATGAAAGTTGGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGcc < 2:3536726/140‑1 (MQ=255) acaggTAATATCACCCTATGCATATTAAACTTCGGTGCACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCa < 1:2202151/136‑1 (MQ=255) cTGTAATATCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGa > 1:592096/1‑140 (MQ=255) aaTATCACCATATGCACATGAACGTTCGGTGCACCCGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCAt < 2:2747989/140‑1 (MQ=255) atCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAgg < 2:6035545/140‑1 (MQ=255) tCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATTCGAGCTGGGTAACCTTATCCCGTGCCAGACCATAGGa > 1:2144787/1‑140 (MQ=255) tCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGa > 2:6378115/1‑140 (MQ=255) tCACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGa > 1:7342989/1‑140 (MQ=255) cACCATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGAt > 2:1858592/1‑140 (MQ=255) ccATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGAttt > 1:6883841/1‑140 (MQ=255) ccATATGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGAATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGTGCTGCGTTTCCATATCCCATGCCAGACCATAGGAttt > 1:3223584/1‑140 (MQ=255) atatGCACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGTCCCATGCGGGCTGCGTATCCATATCGCATGACAGACCATAGGATttat > 2:2177848/1‑140 (MQ=255) | AAGTAGGGTTGATGCGAAACATTACCCACGGCGAATTTTTGCCAGTCCAGGCGTGTTTTGAAGGTGTAATTATCTACAGCCTGGGAAATGTGTCCTAATCCGCCACGGGTGCAACGCCCTGTAATATCACCATATGTACATGAAAGTTCGGTGTACCAGATGTCATGATCGTGACGGGTATAATCACTAATATGATCCCAACCAACGGTGGTACGCAGTTTGGCCCATGCGAGCTGCGTATCCATATCCCATGCCAGACCATAGGATTTAT > NC_000913/1576406‑1576676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |