| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,635,296 | T→G | G184G (GGA→GGC) | ydfN ← | Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,635,296 | 0 | T | G | 98.8% | 727.5 / NA | 248 | G184G (GGA→GGC) | ydfN | Qin prophage; putative side tail fiber assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base G (117/128); minor base A (3/0); total (120/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
GCGGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCT > NC_000913/1635159‑1635387 | gcgGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGcc < 2:3852718/140‑1 (MQ=255)gcgGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGcc > 2:5259378/1‑140 (MQ=255)gcgGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGcc > 1:6065994/1‑140 (MQ=255) tataACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTaa < 1:6037267/140‑1 (MQ=255) 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tttGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTc < 1:4233861/140‑1 (MQ=11) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt < 1:720508/140‑1 (MQ=11) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt > 2:7460122/1‑140 (MQ=14) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt < 1:5519829/140‑1 (MQ=11) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt < 1:7460122/140‑1 (MQ=11) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGAAGCGCTGGAGCTATGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt > 1:2050211/1‑140 (MQ=14) tGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCACCAAATCTGTACTGGATGGGCTTGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt > 2:2622529/1‑140 (MQ=11) gTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATg < 2:4532783/129‑1 (MQ=11) tCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTcc < 2:127307/140‑1 (MQ=11) tCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTcc < 2:6652150/140‑1 (MQ=11) tCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTcc < 1:5259378/140‑1 (MQ=11) tCCCGCTAATACTATCGGTATGCGCACCGATGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCTGTTcc < 1:3176717/140‑1 (MQ=11) cccGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCt > 1:2588179/1‑140 (MQ=255) cccGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTATGCGATTTAATGCCGTCCt > 2:5420478/1‑134 (MQ=11) cccGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTAGTGCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTTCGTCCCCAAATCTGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTCGGTGTGTGATTTAATGCCGTCCTGTTCCt > 1:2282461/1‑140 (MQ=14) | GCGGTATAACCATTAGGGAAAATGCTCGTGTTCGTGCCACCAAATGCACCGGAACTCTTGTGTTGGTGCGCACCGGCACTATTTGCGGTCCCGCTAATACTATGGGTATGCGCCCCGGTGTTATTCGTGGATTTGGTTCCGTAATCAAACGACGATGTGGTTTCCGTCCCCAAATCCGTACTGGATGCGCTGGCGCTGTGGGTGTGCGATTTAATGCCGTCCTGTTCCT > NC_000913/1635159‑1635387 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |