| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,405,158 | (A)8→7 | intergenic (‑86/+545) | nuoA ← / ← lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,405,151 | 0 | A | . | 97.6% | 168.3 / ‑2.3 | 42 | intergenic (‑79/+552) | nuoA/lrhA | NADH:quinone oxidoreductase subunit A/DNA‑binding transcriptional dual regulator LrhA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base . (22/19); minor base T (0/1); total (22/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
ATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGC > NC_000913/2405020‑2405286 | aTAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTACACGGCAGTTGGACGCGACATCGATTCATGGGGAGGAATaaaaaaacc > 2:238332/1‑138 (MQ=255) cccAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACAGCGATTCATGGGAAGAAAT‑AAAGAAACCTTACAATCAc > 1:238421/1‑140 (MQ=255) cAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTg < 1:637162/140‑1 (MQ=255) tgatgaGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAg > 2:419323/1‑140 (MQ=255) tgaGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGaaa < 1:622713/140‑1 (MQ=255) aGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAAtt > 1:643028/1‑140 (MQ=255) tGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAAt < 2:415572/122‑1 (MQ=255) tGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAAt > 1:415572/1‑122 (MQ=255) tGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCtttt > 1:564815/1‑140 (MQ=255) aCTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTtat < 1:162698/140‑1 (MQ=255) tCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACa > 1:417290/1‑140 (MQ=255) gTGGATGTTGACATACTAATTGTTTACTCACTAAATGTAACGCCAGATACACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCt < 2:203243/140‑1 (MQ=255) ggATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTaa < 2:564815/140‑1 (MQ=255) aTTGCTTACTCATCAAAGGTAGCGCCAGATTTACTCCTCCTCACGGCAAATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTa < 2:238421/140‑1 (MQ=255) tGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACt > 1:665001/1‑140 (MQ=255) cTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTcc < 1:5512/140‑1 (MQ=255) cTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTcc < 1:419323/140‑1 (MQ=255) aCTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTGTTTTATAGAGCTAAGTGATGTTGTTTTTTACTCCttt > 1:190064/1‑140 (MQ=255) aCTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCttt > 2:563446/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGt > 2:587796/1‑140 (MQ=255) cTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACaa > 1:21167/1‑140 (MQ=255) tctTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGt > 1:589908/1‑140 (MQ=255) ctTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGtt > 1:548453/1‑140 (MQ=255) ttCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGttt < 2:643028/140‑1 (MQ=255) ttCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGttt < 1:27098/140‑1 (MQ=255) aCGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTttctt < 2:46742/140‑1 (MQ=255) aCGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGGTTTTTACTGCTTTCTATAACCTTTTATCAACTTTAACAAAAGTttctt > 2:259863/1‑140 (MQ=255) cAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTcaca > 1:87829/1‑140 (MQ=255) cAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTcaca < 1:563446/140‑1 (MQ=255) cAGATGGACGCCACATCAATTCGTGGGGAGGAAT‑ATAAACACCTTACATTCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTcaca < 2:236434/140‑1 (MQ=255) cAGATGGACGCCACATCAATTCATGGGGAGGCAT‑ACAAACACCTTACACTCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTcaca < 2:170700/140‑1 (MQ=255) aGATGGACGCCACATCGGTTCATGGGGAGG‑ATTAAAAAACCCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCAGAt < 2:208739/140‑1 (MQ=255) aGATGGACGCCACATCGATTCACGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACAt < 2:245057/140‑1 (MQ=255) aTGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATCACCTTTTGTCAACTGTAACAAGAGTTTCTTCACATTa > 1:236434/1‑140 (MQ=255) tGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAg < 2:417290/140‑1 (MQ=255) ggACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAAGCTTTTGTGAACTTTGACAAAAGTTTCTTCACATTAGt > 1:170700/1‑140 (MQ=255) ggACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGt > 1:485603/1‑140 (MQ=255) ggACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGt < 2:601759/140‑1 (MQ=255) caTCGATTCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACataa > 2:456928/1‑140 (MQ=255) ttCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCaa < 2:485603/140‑1 (MQ=255) ttCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCaa < 2:548453/140‑1 (MQ=255) ttCATGGGGAGGAAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCaa > 1:409760/1‑140 (MQ=255) ggaggaAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCAtt > 2:38635/1‑140 (MQ=255) ggaAT‑AAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGc > 2:135292/1‑140 (MQ=255) | ATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGC > NC_000913/2405020‑2405286 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |