| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→8 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 93.5% | 97.9 / 0.0 | 31 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (15/14); total (16/15) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑G‑CC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAAA > NC_000913/2601875‑2602144 | gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑G‑cc‑cc < 1:664311/140‑1 (MQ=255) cTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑G‑cc‑ccc < 1:398993/140‑1 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGa > 1:92336/1‑140 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGa > 2:449477/1‑140 (MQ=255) gACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTaa > 2:524883/1‑140 (MQ=255) aCTGGTTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:46020/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTTAC‑CC‑CCCCCTTGTGAAACTGCCGATTTAACCCTg > 2:288464/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 2:491493/1‑140 (MQ=255) aaGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATa < 1:138291/140‑1 (MQ=255) tCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCctct < 1:449477/140‑1 (MQ=255) cGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACCTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAGTTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCg > 2:581814/1‑140 (MQ=255) cacaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCAttt < 1:491493/140‑1 (MQ=255) acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTa < 2:482904/140‑1 (MQ=255) acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTa < 1:359064/140‑1 (MQ=255) gcggcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATATAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 2:409851/140‑1 (MQ=255) tGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCtt > 2:449210/1‑140 (MQ=255) catcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtg > 1:589532/1‑140 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGTTTAAACCCGGCGAAT‑GGAAAGCCTCTCGGCATTTATGTGGTTGGTTATCTCCTTCTTggggggggt > 2:36206/1‑140 (MQ=255) aGCGGAATTACGCAAATACATGATGTTGTCACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGttt < 1:288464/140‑1 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt > 2:487036/1‑140 (MQ=255) ggAATTGCGCAAGTACAGTCTGATGTAACTTTAGTA‑GCCCGTTTT‑G‑CCGCCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTCACCCTGCGAAT‑GGATCGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGtt < 2:232009/140‑1 (MQ=255) gAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 2:46020/140‑1 (MQ=255) aaTTACGCAATTACATGCTGGTCTAACTTTAGTC‑GCCAGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 1:303885/140‑1 (MQ=255) aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctc < 1:487036/140‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACCTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 1:581814/140‑1 (MQ=255) tACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 2:43849/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 2:406856/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 1:605769/1‑140 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 1:529745/1‑140 (MQ=255) gtgtAACATTAGTC‑GCTCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GCATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 2:587172/1‑140 (MQ=255) taCTTTAGTCGGCCCTTTTG‑G‑CC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATgcgc < 1:36206/139‑1 (MQ=255) ttAGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAAt > 2:532257/1‑140 (MQ=255) aGTC‑GCCCGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 2:589532/140‑1 (MQ=255) cccGTTTT‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAggg > 2:425345/1‑140 (MQ=255) tttt‑GCCC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTCGTTTGTTCACTCGATTAATTGACTTCTATGTGCGAATACGAGGGCaaa > 2:193135/1‑140 (MQ=255) | GCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTC‑GCCCGTTTT‑G‑CC‑CCCCCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAT‑GGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGAGGGCAAA > NC_000913/2601875‑2602144 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |