Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 130,378 | A→G | Y295H (TAC→CAC) | yacH ← | DUF3300 domain‑containing protein YacH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 130,378 | 0 | A | G | 98.0% | 167.2 / NA | 50 | Y295H (TAC→CAC) | yacH | DUF3300 domain‑containing protein YacH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (27/22); minor base C (1/0); total (28/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATATTGATGTTGTCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTACGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACGGTTGGGTTGTA > NC_000913/130242‑130513 | atatTGATGTTGTCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTgcgtgcgt < 2:98292/140‑1 (MQ=255) gttgtCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCaa > 1:622983/1‑140 (MQ=255) gttgtCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCaa < 1:421070/140‑1 (MQ=255) gtCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGc < 2:590077/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACg < 1:570819/140‑1 (MQ=255) gTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACg < 1:82327/140‑1 (MQ=255) tCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGc > 1:611256/1‑140 (MQ=255) tCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGc < 1:30360/140‑1 (MQ=255) tGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGAGGTAGCTGATAAATCGGCGGATACGCAGt > 1:309397/1‑140 (MQ=255) gtcgtcgtcCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTgg > 2:439402/1‑140 (MQ=255) tcgtcgtcCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGc > 1:51759/1‑140 (MQ=255) gtcCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCTCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGTCAGCTAAACCGGCGGATTAGCAGTATTGGCCCAGt > 2:264784/1‑140 (MQ=255) cccAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTc > 2:494184/1‑140 (MQ=255) gctgctGAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCa < 2:622983/140‑1 (MQ=255) gctgAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACgg < 1:110061/140‑1 (MQ=255) gctgAATAGTGCGTGAGTGGTAGCATCGCCCATGCTAGAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACgg < 1:264784/140‑1 (MQ=255) ctgAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggt < 2:567845/140‑1 (MQ=255) tgAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggtt > 2:583110/1‑140 (MQ=255) tgAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggtt > 1:507941/1‑140 (MQ=255) tgAATAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggtt > 1:344828/1‑140 (MQ=255) aTAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggttggg < 2:587697/140‑1 (MQ=255) tAGTGCGTGCGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACggttgggt > 1:16992/1‑140 (MQ=255) tgcgtgcgTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCGGTATTGGCCCAGTTGCCGTAACCCACGGTTGGGTTGt > 1:212928/1‑140 (MQ=255) tgcgtgcgTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACGGTTGGGTTGt > 2:377791/1‑140 (MQ=255) tgcgtgcgTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGAATTGGCCCAGTTGCCGTGAACCACGGTTGGGTTGt > 2:181308/1‑140 (MQ=255) gcgtgcgtGGTAGCAGCGCCCAGGCCATACCCGAATCGGCGTACAAAGCTGTCATCAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACGGTTGGGTTGTa < 1:269986/140‑1 (MQ=255) | ATATTGATGTTGTCGCCGTTGTGTTGCCAGCCATTACCGTCACGATGACCGCCATCGTGGTGATGATAATCATCATTGTCATGATGATGATGGTCATGATCGTCGTCGTCCCAGTCGATGCTGCTGAATAGTGCGTACGTGGTAGCAACGCCCATGCTATAGCCGAATCCGCGTACAAAGCTGTCAACAAACGGTTCTCCGGCTGGTGGTGGCAGATAAACCGGCGGATACGCAGTATTGGCCCAGTTCCCGTAAACCACGGTTGGGTTGTA > NC_000913/130242‑130513 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |