| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 325,411 | A→G | intergenic (‑47/+166) | ykgH ← / ← betA | uncharacterized protein YkgH/choline dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 325,411 | 0 | A | G | 98.4% | 206.8 / NA | 63 | intergenic (‑47/+166) | ykgH/betA | uncharacterized protein YkgH/choline dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (26/35); total (26/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATAGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGTAACT > NC_000913/325275‑325537 | aGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGATAATAAAAACTGACGAAGATAACGTTGTATTAATGGTc > 1:285648/1‑140 (MQ=255)aGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGt > 1:574690/1‑139 (MQ=255)aGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTc < 1:372738/140‑1 (MQ=255)aGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAAATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGACGTAGATAACGTTGTATTAATGGTc > 1:283429/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTc < 1:48862/140‑1 (MQ=255) tGTTCACGCATAATACATCCAGAGAATAATATCTGTCTCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTc < 1:211192/140‑1 (MQ=255) gTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCa < 1:346572/140‑1 (MQ=255) gTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCa < 1:484880/140‑1 (MQ=255) cACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAgtg < 2:92662/140‑1 (MQ=255) aCGCATAATATATCCAGCGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTATGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAgtgt < 1:414854/140‑1 (MQ=255) aCGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAgtgt < 2:132792/140‑1 (MQ=255) aCGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAgtgt < 2:609711/140‑1 (MQ=255) atatatCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTtatata > 1:451390/1‑140 (MQ=255) ccAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATTGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGAtt < 2:285648/140‑1 (MQ=255) ccAGAGAAGAAAATCTTGCGCAGATAAGGTTTTTTTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGAtt < 2:324243/140‑1 (MQ=255) gagaATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATTCTGGATATGAAGAATGAGAGTTACCGCAGTATTTATATAAGGATTCgg > 2:191552/1‑140 (MQ=255) gagaATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATAAAGCATGCGAGTTACCCCAGTGTTTATATAAGGATTCgg > 2:266347/1‑140 (MQ=255) aTAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTccc < 2:43739/140‑1 (MQ=255) tAAAATCTGTCGCAGCTAAGGTCGTCTTACTGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTcccc < 1:191552/140‑1 (MQ=255) tAAAATCTGACGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTcccc < 1:537838/140‑1 (MQ=255) aaaTCTGTCGCAGATGAGGTTGAATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCct < 1:270469/140‑1 (MQ=255) aaaTCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCct < 2:2825/140‑1 (MQ=255) gTCGCAGATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGAATGAGAGTTACCTCAGGGTTTATATGAGGACTCGGTCCCCCTCTCTgg > 2:258238/1‑140 (MQ=255) cGCAGATAAGGTTGTATTAATAGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGaa < 2:339213/140‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGt < 1:401924/140‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGt < 2:122250/140‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGt < 1:58247/140‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTAGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGt < 2:83756/140‑1 (MQ=255) gATAAGGTTGTATTAATGGTCTGTATCAGAAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGt < 1:258238/140‑1 (MQ=255) aGGTTGTATTAATGGTTTGTATGAGGAATGTGCGGTTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGTAAct < 2:320295/140‑1 (MQ=255) | AGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATAGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGTAACT > NC_000913/325275‑325537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |