| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,376,294 | A→G | intergenic (+29/‑23) | efp → / → ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,376,294 | 0 | A | G | 98.2% | 186.1 / NA | 54 | intergenic (+29/‑23) | efp/ecnA | protein chain elongation factor EF‑P/entericidin A lipoprotein, antidote to entericidin B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (25/28); total (26/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCG > NC_000913/4376159‑4376429 | cTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGCTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTGTCTCGCGTGAAGGAATGCGGTTGTGGTGCGACCTGCAGGCTGCGCCAt > 2:171156/1‑140 (MQ=255) cccTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCAc < 1:383566/140‑1 (MQ=255) gTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAt > 1:593965/1‑140 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt > 1:102968/1‑140 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt < 2:139255/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt < 1:659739/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt < 2:482898/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt < 2:506592/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGCGCTGTGCTTAAAGCTCCGCTATTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTAtt < 1:171156/140‑1 (MQ=255) tGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGcc > 1:383645/1‑125 (MQ=255) 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(MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTAt > 2:122365/1‑125 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTAt < 1:122365/125‑1 (MQ=255) ggCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTttgct < 1:466003/140‑1 (MQ=255) catcaAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCa < 2:126672/140‑1 (MQ=255) tcaAAGTGGATACCCACTCTGGGGATTACGTCTCTCGTGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACg < 1:302292/140‑1 (MQ=255) tGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTc > 1:432056/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTACCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTGACGGGCTGTAACACCGc > 2:269249/1‑140 (MQ=255) tctcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGttt > 1:121523/1‑140 (MQ=255) tcGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCg > 2:651995/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCg < 2:41224/140‑1 (MQ=255) tGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGaa < 1:540440/140‑1 (MQ=255) ttGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACAtc > 2:440270/1‑140 (MQ=255) gtggtgCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCg < 1:637408/123‑1 (MQ=255) gtggtgCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCg > 2:637408/1‑123 (MQ=255) ggtgCGGCCTGCAGGCTGCGCCCTCTCTTTTTCAGGTAAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCgg < 1:206203/140‑1 (MQ=255) gtgCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGc > 2:352743/1‑140 (MQ=255) gtgCGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGc < 2:102968/140‑1 (MQ=255) cGGCCTGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAAc > 1:475871/1‑140 (MQ=255) tGCAGGCTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCAt > 2:605889/1‑140 (MQ=255) cTGCGCCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTcg < 1:653289/140‑1 (MQ=255) | CTACCCTGTCTACTGGCGCTGTGGTTAAAGTTCCGCTGTTTGTACAAATCGGCGAAGTCATCAAAGTGGATACCCGCTCTGGTGAATACGTCTCTCGCGTGAAGTAATGCGGTTGTGGTGCGGCCTGCAGGCTGCACCATCACTTATTCAGGTCAGAGATGATGAAACGCCTTATCGTTCTTGTTTTGCTTGCCAGCACGCTGCTCACGGGCTGTAACACCGCTCGCGGTTTCGGCGAAGACATCAAACATCTCGGCAACTCCATCTCTCG > NC_000913/4376159‑4376429 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |