Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,487,609 | A→G | T98A (ACC→GCC) | lptG → | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,487,609 | 0 | A | G | 96.2% | 79.3 / NA | 26 | T98A (ACC→GCC) | lptG | lipopolysaccharide transport system protein LptG |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (21/4); minor base T (1/0); total (22/4) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTACCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAGGCGATGTAC > NC_000913/4487472‑4487740 | cAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGcc < 1:621932/140‑1 (MQ=255) ttGCTGAGCGTGCCGAAAGATGCGCTGATTTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGgc < 1:201533/140‑1 (MQ=255) tGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGAGATGCAGCCTTGTGA‑TTTTGCACGTATGCAGGTGgcg > 1:203968/1‑140 (MQ=255) tGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTg > 2:357278/1‑140 (MQ=255) tGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTg > 1:452488/1‑140 (MQ=255) cGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCgg > 2:90053/1‑140 (MQ=255) gCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCa < 1:500221/140‑1 (MQ=255) cttcttCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TCTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGc > 2:242296/1‑140 (MQ=255) ttcttcCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCt > 1:388465/1‑140 (MQ=255) cttcCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGGAGGGGCCCCTGTCGGTAATGAACACCGCCATTCCGCTgg > 2:304074/1‑140 (MQ=255) cttcCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTgg > 2:544939/1‑140 (MQ=255) cGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTTCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTg > 1:138222/1‑140 (MQ=255) aTGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCt > 1:554134/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTg > 1:149226/1‑140 (MQ=255) cTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGAt > 2:542716/1‑140 (MQ=255) gTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCAATTCCGCCGGTGTTGCTGACGTTGGCGATTGGCGAAt > 1:171063/1‑140 (MQ=255) tGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATAAAAACCGCCATTCCGCGGGTCTTGCAGACGATGGCGATTGGCGAATgg > 2:230668/1‑140 (MQ=255) ggTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTcgc > 1:541985/1‑140 (MQ=255) tCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCCCCATTCCGTTGGTCTTGCTGACGATTGCGACTGGCGAATGGGTCgcgc > 2:198675/1‑140 (MQ=255) ttGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTTGTCTTGCGGACGATGGTGATTGGCGAATGGGTCGcgccg > 2:256682/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGa > 2:103204/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGa > 1:27067/1‑140 (MQ=255) cTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGa > 1:624758/1‑140 (MQ=255) gcggcgAACGGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCGGGTGGCGCTGTGGGGGATAAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGgcg < 2:149226/137‑1 (MQ=255) gccgggAATTGGTGGTCATGAGGGCTTCTGG‑TTTTGCCGGTAGGAGGGTGCGCCGGTCGGAGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGgcg < 2:452488/135‑1 (MQ=255) gcagcgAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGgcg < 1:544939/140‑1 (MQ=255) gcgAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCTCGt > 2:485977/1‑140 (MQ=255) gatcTGGTGGTGATGTGCGCTTGTGT‑TTTTGCCCTTTTGGAGGTGGGGCTGTCGGTGATAAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTaa < 2:266652/137‑1 (MQ=255) gAACTGGTGGGGAGGCAGG‑TTCGGGTTTTTCCCCGTATGCGGGGGGGGCTGGCGGGAAAGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTaa < 2:164746/140‑1 (MQ=255) gCAGGCTTCTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGCCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAgg < 1:302889/140‑1 (MQ=255) cTGG‑TTTTGCCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAGGCGATGTAc > 2:460974/1‑140 (MQ=255) | CAGGAATGTATACCTTGCTGAGCGTGCCGAAAGATGTGCAGATCTTCTTCCCGATGGCGGCTCTGCTTGGGGCGTTGCTTGGTCTTGGGATGCTGGCGCAGCGCAGCGAACTGGTGGTGATGCAGGCTTCTGG‑TTTTACCCGTATGCAGGTGGCGCTGTCGGTGATGAAAACCGCCATTCCGCTGGTCTTGCTGACGATGGCGATTGGCGAATGGGTCGCGCCGCAGGGCGAGCAGATGGCGCGTAACTACCGTGCGCAGGCGATGTAC > NC_000913/4487472‑4487740 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |