| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 602,962 | T→C | V335A (GTC→GCC) | pheP → | phenylalanine:H(+) symporter PheP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 602,962 | 0 | T | C | 97.9% | 158.7 / NA | 48 | V335A (GTC→GCC) | pheP | phenylalanine:H(+) symporter PheP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (27/20); total (28/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACG > NC_000913/602825‑603089 | cAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCa > 1:460714/1‑140 (MQ=255)cAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCa > 1:46002/1‑140 (MQ=255) cGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGcc > 1:255072/1‑140 (MQ=255) cGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGcc > 2:401853/1‑140 (MQ=255) cGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTCGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGcc > 2:268127/1‑140 (MQ=255) gTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTcg > 2:540931/1‑140 (MQ=255) tCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGgtgt > 1:373278/1‑140 (MQ=255) cTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGtgtg < 2:581126/140‑1 (MQ=255) tGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGc > 1:124234/1‑140 (MQ=255) cGTCATTCTGGTAGCATCCCTGTCAGTGTATAACTGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGc > 2:164587/1‑140 (MQ=255) ttCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATg > 1:140001/1‑140 (MQ=255) ttCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCACGTCAGCGGTCACGAGGTGCCGATTAACTCGCTGATg > 1:173812/1‑140 (MQ=255) tAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTcc < 1:666443/140‑1 (MQ=255) tAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCACCCGTCGCGGTGCGCCGATTAAATCGCTGATGCTTTcc > 1:275447/1‑140 (MQ=255) tCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGc > 1:98285/1‑140 (MQ=255) tGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATc > 1:42453/1‑140 (MQ=255) taACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtgg < 1:445272/140‑1 (MQ=255) cAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCtggtgg < 2:602772/140‑1 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGgtgt > 1:370218/1‑140 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGgtgt > 1:388837/1‑140 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGgtgt > 2:39347/1‑140 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGgtgt > 2:21762/1‑140 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGgtgt > 1:496068/1‑140 (MQ=255) cGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCCTTCAGGAGCGATCGCTTCGCTGGTGgtgt > 1:310493/1‑140 (MQ=255) ggggTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGtt < 2:46002/140‑1 (MQ=255) ggggTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGtt < 1:540931/140‑1 (MQ=255) ggggTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGtt > 1:634327/1‑140 (MQ=255) gggTTTACTCTAACAGCCTCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTa > 1:388738/1‑140 (MQ=255) gggTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTa > 1:482211/1‑140 (MQ=255) gTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAAt < 1:509747/140‑1 (MQ=255) gTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAAt < 2:460714/140‑1 (MQ=255) gTTTACGCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAAt < 2:415200/140‑1 (MQ=255) aCAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATctg > 2:87172/1‑140 (MQ=255) ccGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGGCTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCtgctgc < 2:479119/140‑1 (MQ=255) tGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCaa < 2:373278/140‑1 (MQ=255) cTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCaaaa < 2:501711/140‑1 (MQ=255) ggCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGtt < 1:401853/140‑1 (MQ=255) ggCCTTTCTGTGCAGCGTAATGGGCTGAATTTTTTGAATCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGtt < 1:268127/140‑1 (MQ=255) ttCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTc < 1:164587/140‑1 (MQ=255) cTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCTCTGGTGGTATTAATCAACTATCTGCAGCCGAAAAAAGCGTTTGGTctg > 2:184107/1‑140 (MQ=255) gCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGa < 1:21762/140‑1 (MQ=255) cAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGGGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGAt > 1:515558/1‑140 (MQ=255) gggTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTGCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCATTTGGTCTGCTGATgg > 2:407769/1‑140 (MQ=255) ggTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgc > 1:408218/1‑140 (MQ=255) gTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgcg < 2:140001/140‑1 (MQ=255) tAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGgcgc < 2:411052/140‑1 (MQ=255) tGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATTTGCGGCCGCAAAAAGCGTTTGATCTGCTGATGGCGCtgg > 2:289270/1‑140 (MQ=255) ccGAAGTTTTTGACTCGCGCCATCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTggtggt < 1:289270/140‑1 (MQ=255) gTTTTTGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCaa < 1:39347/140‑1 (MQ=255) ttttGACTCGCGCCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGGTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACg > 2:607138/1‑140 (MQ=255) | CAACGTGGTAGCTTCTGCGCTGAACTTCGTCATTCTGGTAGCATCGCTGTCAGTGTATAACAGCGGGGTTTACTCTAACAGCCGCATGCTGTTTGGCCTTTCTGTGCAGGGTAATGCGCCGAAGTTTTTGACTCGCGTCAGCCGTCGCGGTGTGCCGATTAACTCGCTGATGCTTTCCGGAGCGATCACTTCGCTGGTGGTGTTAATCAACTATCTGCTGCCGCAAAAAGCGTTTGGTCTGCTGATGGCGCTGGTGGTAGCAACG > NC_000913/602825‑603089 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |