Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 679,673 | A→G | T56A (ACT→GCT) | ybeU → | DUF1266 domain‑containing protein YbeU |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 679,673 | 0 | A | G | 97.7% | 150.4 / ‑4.5 | 44 | T56A (ACT→GCT) | ybeU | DUF1266 domain‑containing protein YbeU |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (20/23); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
CGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGATTTATACCC > NC_000913/679539‑679805 | cgcTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTAtt < 1:93632/140‑1 (MQ=255) tttCTGCGCCCATGGCAATACTTAAGCAGGGTTGCAATCCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTAt < 1:277096/140‑1 (MQ=255) tttCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTAt < 2:544183/140‑1 (MQ=255) ttCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGCGAACAAATAATCGTGATGATTCAATTCAGGCTATTTATc > 2:277096/1‑140 (MQ=255) tCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCa < 1:625414/140‑1 (MQ=255) ggAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACtgatg < 2:347003/140‑1 (MQ=255) tACTTAATCAGGGTTTCAAACCCGCCCATCACTCGCCTAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGt < 1:197300/140‑1 (MQ=255) ttAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCAt < 2:36577/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGc > 2:81341/1‑140 (MQ=255) aTCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGCGATGATTTCATTAAGGGTATTTATCCGATGACTGATGATGGTCATGcc > 2:249244/1‑140 (MQ=255) gTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGt > 2:360522/1‑128 (MQ=255) gTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGt < 1:360522/128‑1 (MQ=255) gTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGAt > 1:543991/1‑140 (MQ=255) gTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGATATTTATCAGAGGAATGATGATGGTCATGCCAATGAt > 1:219713/1‑140 (MQ=255) cAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAg < 1:121422/140‑1 (MQ=255) aaaCCCGCTCATGACTTGCCAAAAATGTATCCTGGCATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGc < 2:314825/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATc < 1:565434/140‑1 (MQ=255) gACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCt > 2:579147/1‑140 (MQ=255) tataCTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGctc < 2:543991/140‑1 (MQ=255) tataCTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGctc < 1:343560/140‑1 (MQ=255) tataCTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGctc < 2:509140/140‑1 (MQ=255) ggATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCt > 1:33919/1‑140 (MQ=255) gATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTg > 2:150240/1‑140 (MQ=255) aaTTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAAGAATTGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTgg < 2:273014/140‑1 (MQ=255) ttCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGaa > 1:650512/1‑140 (MQ=255) ggggAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGaaa < 1:149553/122‑1 (MQ=255) ggggAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGaaa > 2:149553/1‑122 (MQ=255) gggAATAAATAATCGTGATGATCTAATTCAGGCTATTGATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCt < 1:249244/140‑1 (MQ=255) taaataaTCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGgag > 1:650363/1‑140 (MQ=255) taaataaTCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGga < 2:384988/139‑1 (MQ=255) taaataaTCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGga > 1:384988/1‑139 (MQ=255) aaataaTCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATTGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGgaga < 2:584015/140‑1 (MQ=255) aaataaTCGTGATGATTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGgaga < 2:123440/140‑1 (MQ=255) aaataaTCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGgaga > 1:159869/1‑140 (MQ=255) gatgatTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGAt < 1:468491/140‑1 (MQ=255) atgatTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGAtt > 2:441564/1‑140 (MQ=255) atgatTTAATTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGAtt > 1:18252/1‑140 (MQ=255) aaTTCAGGCTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGATTTATAccc > 2:487831/1‑140 (MQ=255) | CGCTTTCTGCGCCCATGGAAATACTTAATCAGGGTTGCAAACCCGCGCATGACTCGCCAAAAATGTATACTGGGATAAAAGAATTCGAGCTCTCATCATCCTGGGGAATAAATAATCGTGATGATTTAATTCAGACTATTTATCAGATGACTGATGATGGTCATGCCAATGATTTAGCTGGCTTATATCTGACATGGCATCGCTCTTCCCCTGAAGAGTGGAAAGCATTAATTGCTGGTGGCTCGGAGAGAGGGTTGATTTATACCC > NC_000913/679539‑679805 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |