Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,153,353 | A→G | A18A (GCA→GCG) | pabC → | aminodeoxychorismate lyase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,153,353 | 0 | A | G | 97.2% | 117.3 / NA | 36 | A18A (GCA→GCG) | pabC | aminodeoxychorismate lyase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (17/18); total (17/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
GGGCCTTTTTTCTTAGCTTTTATTCCGACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTCCTGTGACTTCTGGCC > NC_000913/1153217‑1153481 | gggCCTTTTTTCTTAGCTTTTATTCCGACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACg < 2:136924/140‑1 (MQ=255) gggCCTTTTTTCTTAGCTTTTATTCCGACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACg < 1:26197/140‑1 (MQ=255) gggCCTTTTTTCTTAGCTTTTACTCTGACTTGTTCCGAAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACg < 1:314573/140‑1 (MQ=255) tttCTTAGCTTTTATTCCGACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTgg < 2:101354/140‑1 (MQ=255) gCTTTTATTCCGACTTGCTCCGCAGTGAACAGGCTTCCACACTAACAACTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGgt < 2:221989/140‑1 (MQ=255) gACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTaccac > 2:583880/1‑140 (MQ=255) ttGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCATACTCACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGc < 1:277560/140‑1 (MQ=255) gTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCa > 2:561043/1‑140 (MQ=255) gTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCa < 1:115864/140‑1 (MQ=255) gTTCCGTAGTGAACAGGCTGCCCCAGTAACAATTCTCCGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCa < 1:250986/140‑1 (MQ=255) gTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATc < 1:561043/140‑1 (MQ=255) aaCATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGAc > 2:535165/1‑140 (MQ=255) aaCATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGAc < 2:116844/140‑1 (MQ=255) aTGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGt < 1:535165/140‑1 (MQ=255) gctgcCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTaa > 1:25480/1‑140 (MQ=255) tAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGGGATGGTTGTTTTGCCACCGCCAGAGCTATCAACGGTAAAGTCAGTTTg > 2:255603/1‑140 (MQ=255) aCAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCTACGGTAAAGTCAGTTTGtt > 1:113894/1‑140 (MQ=255) tctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGgcg < 2:366304/140‑1 (MQ=255) tctGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGgcg < 2:598111/140‑1 (MQ=255) aGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGc > 1:72493/1‑140 (MQ=255) ccGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGa > 1:79697/1‑140 (MQ=255) aTGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACa < 2:509589/140‑1 (MQ=255) attaaCGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTg > 1:250405/1‑140 (MQ=255) aCGGTCATAAGCAGGAATCGCTTGCAGTACGCGATCGTGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAg < 1:244376/140‑1 (MQ=255) aCGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCTACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAg > 2:28385/1‑140 (MQ=255) aCGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAg > 2:10522/1‑140 (MQ=255) cGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGc > 1:344242/1‑140 (MQ=255) tCATAAGCAGGAATCACTGGCAGTACGCGATCGGGCGTCGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGt < 1:221925/140‑1 (MQ=255) aTAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTtg > 2:665847/1‑140 (MQ=255) gAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCGAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTc > 1:228922/1‑140 (MQ=255) gAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTGCAGAATCCTTGTCCGCGGTTGATGATTTc > 1:300864/1‑140 (MQ=255) gAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATAGGCGCATAACCAGCGATTACAGGATTCTTGCCAGCGGTTGATGATTTc > 2:202198/1‑140 (MQ=255) cGCTGGCAGTAAGCGGTCGGGCAACGCAGGTTGGTGAGGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTCCtgt < 1:248465/140‑1 (MQ=255) cTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGt > 1:586194/1‑124 (MQ=255) cTGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGt < 2:586194/124‑1 (MQ=255) tGGCAGTAAGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTCCTGTGAc < 1:583880/140‑1 (MQ=255) aGCGATCGGGCGACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTCCTGTGACTTCTGGcc < 2:459908/140‑1 (MQ=255) | GGGCCTTTTTTCTTAGCTTTTATTCCGACTTGTTCCGTAGTGAACATGCTGCCACACTAACAATTCTCTGATAAGGAGCCGGTATGTTCTTAATTAACGGTCATAAGCAGGAATCGCTGGCAGTAAGCGATCGGGCAACGCAGTTTGGTGATGGTTGTTTTACCACCGCCAGAGTTATCGACGGTAAAGTCAGTTTGTTATCGGCGCATATCCAGCGACTACAGGATGCTTGTCAGCGGTTGATGATTTCCTGTGACTTCTGGCC > NC_000913/1153217‑1153481 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |