| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 234,139 | (A)7→8 | coding (644/756 nt) | gloB ← | hydroxyacylglutathione hydrolase GloB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 234,132 | 1 | . | A | 95.5% | 225.4 / 1.9 | 67 | coding (651/756 nt) | gloB | hydroxyacylglutathione hydrolase GloB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base A (42/22); total (44/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑AAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCGTGCGGAAGAATACTCAAAGCAAACTT > NC_000913/233997‑234266 | gCGAACGGAGCCGATGAAAAGACAGTTTTATGAGACCCTCTCTTTCTTCGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaa < 2:358852/140‑1 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTGAAACAATATGTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa > 1:255997/1‑140 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa < 2:785964/140‑1 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa < 2:601603/140‑1 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa > 1:696543/1‑140 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa > 1:825561/1‑140 (MQ=255) cGAACGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaa < 2:15821/140‑1 (MQ=255) aaCGGAGCCGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑T‑aaaaaaa > 1:4640/1‑140 (MQ=255) ccGATGACAAGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTACTTAAATCAATACCTTCCGTTCGT‑A‑AAAAAAACATTaa > 1:358852/1‑140 (MQ=255) aGAAAGTTTTATCAGAACCTATCTTTCTTTGACCTTAACCATGCAAAACGCTCTTCAGGTTGTTGCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCt < 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1:633931/1‑140 (MQ=255) tgCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTGATTTGATTTTTAGCACGTAACGCCTTAACTTTACGat > 1:351960/1‑140 (MQ=255) gCAATAATGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGata < 2:74195/140‑1 (MQ=255) aatGTTTCTTCATTACTTACATCAACTAAATCAATATATTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATaataat < 1:404870/140‑1 (MQ=255) aatGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATaataat < 1:87324/140‑1 (MQ=255) aatGTTTCTTCATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATaataat < 2:177718/140‑1 (MQ=255) tcttcATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTa > 1:75325/1‑140 (MQ=255) ttcATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGGCCGTAACACCTAAATTTTACGATAATAATCATTTATg > 1:239952/1‑140 (MQ=255) tcATTAATTACATTAATTAAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATgg > 2:452798/1‑140 (MQ=255) cattaattacattaattaAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCGGTAACTCATTAACTATACGATGATAATCATTTATGGa > 1:249231/1‑140 (MQ=255) aattacattaattaAATCAATATCTTCCGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACaaa < 2:516884/140‑1 (MQ=255) tacattaattaAATCAATATCTTCTGTTC‑T‑TAAAAAAAACATTAATTTGCCGCTCATTTTTCAGAATTACGGGTAGTGTTATTTGATTTTTTGCCCGTAACTCCTTAACTTTACGATAATAATCATTTATGGACAAATCg > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |