| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,187,323 | (G)5→6 | intergenic (+25/+57) | rcnB → / ← yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,187,318 | 1 | . | G | 95.2% | 132.3 / ‑0.2 | 42 | intergenic (+20/+62) | rcnB/yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base G (23/17); total (24/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑G‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGA > NC_000913/2187180‑2187450 | tGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑g < 1:812048/140‑1 (MQ=255)tGCCCGCGCCTGATGCCCGGACGCACTGGACGTATGTGGATGGCGCGTTCGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑g < 2:315775/140‑1 (MQ=255) cccGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGTCGGTGAGATTTTTTATAATCGCTAAAAAAAACCCCCTCATCAT‑GA‑g‑gg > 2:330638/1‑140 (MQ=255) cgcgCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑g‑gggg < 1:156845/140‑1 (MQ=255) 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2:786719/1‑140 (MQ=255) ggCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCa > 1:770577/1‑140 (MQ=255) gcgcGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑G‑GGGGAAAATGCAAACAGCTTGTTATTGTTTATTATTAGCCAc > 1:364239/1‑140 (MQ=255) gtTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTct > 2:576792/1‑140 (MQ=255) gATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttgc < 2:770577/140‑1 (MQ=255) gATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTcttg < 2:22254/139‑1 (MQ=255) 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1:254895/140‑1 (MQ=255) acgacgGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCAATTGCTCGTATTGGTTGCTATTAGTCTTATTTCACGTTGATTAATGCgg > 2:270087/1‑140 (MQ=255) ggTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGcc > 1:780780/1‑140 (MQ=255) ggTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGcc < 1:599126/140‑1 (MQ=255) tGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTCGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTc > 1:725933/1‑140 (MQ=255) agaTTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCa > 2:446202/1‑140 (MQ=255) 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2:231664/1‑140 (MQ=255) tcatcaT‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTa < 1:554706/140‑1 (MQ=255) atcat‑GAGG‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATACGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGa > 1:92480/1‑140 (MQ=255) atcat‑GA‑GTGGGG‑AAAGCCAGACACCTTGTGTTTTGTTATTATTAGCCTCTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTCGTCGTATTTCGCGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGa < 2:418220/140‑1 (MQ=255) | TGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCAT‑GA‑G‑GGGG‑AAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGA > NC_000913/2187180‑2187450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |