| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,464,242 | (T)6→7 | intergenic (+172/+10) | yfdF → / ← mlaA | protein YfdF/intermembrane phospholipid transport system ‑ outer membrane lipoprotein MlaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,464,236 | 1 | . | T | 96.4% | 188.1 / ‑0.7 | 56 | intergenic (+166/+16) | yfdF/mlaA | protein YfdF/intermembrane phospholipid transport system ‑ outer membrane lipoprotein MlaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base T (28/26); total (30/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
TCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACC‑TT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTCGCG > NC_000913/2464097‑2464368 | tCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGCTAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCAcc > 1:623953/1‑140 (MQ=255) gAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACC‑tt‑ttt‑ttattt < 2:565590/134‑6 (MQ=255) gAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACC‑tt‑ttt‑ttattt > 1:565590/1‑129 (MQ=255) gTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCa < 2:492504/140‑1 (MQ=255) tCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAg > 1:209154/1‑140 (MQ=255) cAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGa > 2:832216/1‑140 (MQ=255) gTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAAt > 2:563374/1‑140 (MQ=255) tGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTACGACTCAGC‑TTATTG‑TATTTGGTTCTTATTCAGAATc > 1:249428/1‑140 (MQ=255) gACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCa < 2:209154/140‑1 (MQ=255) aCGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCaa > 1:648998/1‑140 (MQ=255) aCGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCAACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCaa > 1:317137/1‑140 (MQ=255) aCGAACATCAGTATTTTCACATAATTACGTCCAGGCGATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTAAGTTTTGCGGCTCTCCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTCATTCAGAATCaa < 2:379250/140‑1 (MQ=255) cGAACATCAGTATTTTTTCATAATTACGTCTAGTTCATTCTCGGTTTATCTCCTTTTACTTATGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAat < 2:396522/140‑1 (MQ=255) cGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAat < 2:681687/140‑1 (MQ=255) cGAACATCAGTATTTTGACATATTTACGTCTCGATCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAat < 2:393170/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCa < 2:61016/125‑1 (MQ=255) cAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCa > 1:61016/1‑125 (MQ=255) tATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATTTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTaaa < 2:317137/140‑1 (MQ=255) tATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTaaa < 2:648998/140‑1 (MQ=255) tttttACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTaaa > 1:685106/1‑138 (MQ=255) tttttACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTaaa < 2:685106/138‑1 (MQ=255) 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1:357161/1‑140 (MQ=255) tgGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTcgccgc > 1:438948/1‑140 (MQ=255) tgGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTcgccgc > 2:782617/1‑140 (MQ=255) tgGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTcgccgc > 2:514157/1‑140 (MQ=255) gAGGGATAACAACAACAAAGGTTAGCTTTTCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCg < 1:370358/140‑1 (MQ=255) gggATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCGTTAGCGAt > 1:192397/1‑140 (MQ=255) 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2:855421/140‑1 (MQ=255) aCTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTcgcg < 1:169298/140‑1 (MQ=255) aCTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTcgcg < 2:687637/140‑1 (MQ=255) aCTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTcgcg < 1:514157/140‑1 (MQ=255) aCTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTcgcg < 1:599738/140‑1 (MQ=255) aCTCACCTTT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTcgcg < 1:6188/140‑1 (MQ=255) | TCAACAGCTGAATATCGGAAATAGTCAGTGACGAACATCAGTATTTTTACATAATTACGTCTAGGTCATTGTCGGTTTATCTCCTTTTACTTGTGGTAATTGAGGGATAACAACAAAAAAGGTGAGTTTTGCGACTCACC‑TT‑TTT‑TATTTGTTTCTTATTCAGAATCAATATCTTTTAAATCATCCTGAATCGCTTGTGCGTTCGGATTTTCCTGCGGTTTGAGTTCGCCGCCATTAGCGATGAAATCATGACGCTGGAAGTACGCTTCGCG > NC_000913/2464097‑2464368 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |