Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→9 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 92.2% | 154.9 / 5.8 | 52 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (19/28); total (22/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | NC_000913 | 2,602,010 | 2 | . | C | 92.3% | 165.3 / 5.8 | 52 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (20/28); total (22/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑CCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAC > NC_000913/2601873‑2602135 || tGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑cc > 2:668740/1‑140 (MQ=255) ttCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑cccccc < 1:214004/140‑1 (MQ=255) ttCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑cccccc < 1:287849/140‑1 (MQ=255) gCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑cccccc‑‑ccc > 2:60139/1‑138 (MQ=255) cTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑cccccc‑‑ccct > 1:670355/1‑137 (MQ=255) cGGTCTGGACAGACTCGCTATTCAGATTTTCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGc < 1:402892/140‑1 (MQ=255) gTCTGGACAGACAGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCg > 2:84036/1‑140 (MQ=255) cAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAc < 1:60139/140‑1 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAccc < 1:522161/140‑1 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAccc > 1:510424/1‑140 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACATTAGTCGCTCGTCTT‑‑GTCCCCCCC‑‑C‑‑GTTTGAATTTGCCGATTTAAccc > 2:277965/1‑140 (MQ=255) gACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGAGTGGAATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAccc < 2:319669/140‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGc < 1:38145/128‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGc > 2:38145/1‑128 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑CCCCCCCTC‑‑TTTTGAATCTGCCGATTTAACCCt > 1:413747/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTGTCCT‑‑CCCCCC‑‑C‑‑TGTTGATATTGCCGATTTAACCCt > 2:376392/1‑140 (MQ=255) cTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGCTTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCC‑ATTTAACCCTGc > 2:533367/1‑140 (MQ=255) gCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGa < 2:643125/140‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTg > 2:92365/1‑122 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTg < 1:92365/122‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGc > 2:194771/1‑137 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGc < 1:194771/137‑1 (MQ=255) ttAAGCTTTCCGGCAACACATCGCTGGTGTGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATgg < 1:376392/140‑1 (MQ=255) tAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGa > 1:593443/1‑140 (MQ=255) tAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGa < 2:510424/140‑1 (MQ=255) ccGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCctct < 2:558674/140‑1 (MQ=255) cGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCTGATGTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc > 1:319191/1‑140 (MQ=255) caTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa < 1:865528/140‑1 (MQ=255) cGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATgg < 1:668740/140‑1 (MQ=255) gCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGA‑TTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg > 2:9442/1‑140 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 1:817676/140‑1 (MQ=255) ggtggGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt < 1:435003/140‑1 (MQ=255) cggcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 2:593443/140‑1 (MQ=255) cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt < 1:781156/135‑1 (MQ=255) cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt > 2:781156/1‑135 (MQ=255) gTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt > 2:693345/1‑136 (MQ=255) gTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 1:693345/136‑1 (MQ=255) gATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAGCCTGCGAAAGGAGAGCGTCTTGGCAGTTATGGTGCTGGTTATCTCCtt > 2:225761/1‑140 (MQ=255) aTTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCC‑ATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGc < 1:533367/140‑1 (MQ=255) cGGAATTATGCAATTACATGCTTGTGTAACCTTTGACGCGCGTTTTGCG‑‑CCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGC‑‑CTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGtt < 2:413747/140‑1 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTg > 2:428714/1‑140 (MQ=255) aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 2:601466/140‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctc > 1:14943/1‑140 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctc < 1:84036/140‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATAGTGCTGGCTATATCCTTGCTGATGGTGGTTTGTtctc > 1:252703/1‑140 (MQ=255) aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 2:670355/140‑1 (MQ=255) aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 1:81251/140‑1 (MQ=255) aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 1:442543/140‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 2:126774/131‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct > 1:126774/1‑131 (MQ=255) tGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑CCCCCC‑‑CCTTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGAc < 1:225761/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTtata > 2:827227/1‑140 (MQ=255) tgtAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 2:14943/140‑1 (MQ=255) tgtAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑C‑‑CCCCCC‑‑CCATTTCGAACTTGCCGATCTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 2:252703/140‑1 (MQ=255) aGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTTTCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAAt > 1:862518/1‑139 (MQ=255) aGTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAAt < 2:862518/139‑1 (MQ=255) gTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 2:676918/140‑1 (MQ=255) gTCGCCCGTTTT‑‑GCCCCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGGTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc > 2:440564/1‑140 (MQ=255) || TGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTT‑‑G‑‑CCCCCC‑‑C‑‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAC > NC_000913/2601873‑2602135 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |