| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,867,926 | (C)6→7 | coding (828/1140 nt) | nlpD ← | murein hydrolase activator NlpD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,867,920 | 1 | . | C | 96.7% | 100.4 / ‑3.1 | 30 | coding (834/1140 nt) | nlpD | murein hydrolase activator NlpD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base C (17/12); total (18/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.93e-01 | |||||||||||
ACTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑CCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGC > NC_000913/2867782‑2868054 | aCTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGAATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑c < 2:792511/140‑1 (MQ=255)aCTCAGGTAATCATCATTATGTATGATGATAATCAGAATACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑c < 1:324880/140‑1 (MQ=255) catcatTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGa < 2:554108/140‑1 (MQ=255) gatgatAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGtt > 1:833219/1‑140 (MQ=255) gatgatAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGtt > 1:601601/1‑140 (MQ=255) aaTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATc < 1:594105/140‑1 (MQ=255) aTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCa > 1:653035/1‑140 (MQ=255) aTCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑CCCCCCGTCGGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCa > 1:339892/1‑140 (MQ=255) ccGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCt < 2:80835/140‑1 (MQ=255) ccGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCg > 1:735611/1‑140 (MQ=255) cAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAg > 1:700874/1‑140 (MQ=255) cgcgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcgc > 2:776454/1‑140 (MQ=255) cgcgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcgc < 2:601601/140‑1 (MQ=255) cgcgTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAgcgc > 2:465857/1‑140 (MQ=255) aGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGgag < 2:653035/140‑1 (MQ=255) cATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGAt < 2:735611/140‑1 (MQ=255) cgcgGCCATCTGCGGTCACGATCATTGCCTGTCCTTTGCAGCCTGCGACATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACt < 2:324485/140‑1 (MQ=255) cgGCCATCTGCGGTCGCGATAACTGTCTGCCCTTTGCCGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTgg < 1:384986/140‑1 (MQ=255) tCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATg > 2:723535/1‑140 (MQ=255) tGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCgg > 1:96482/1‑140 (MQ=255) tCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGTCGTACTGGTTGATGTACTGCTCACAGTCGGCTCGGtt > 1:380660/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) gcGATATCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTg > 2:694390/1‑140 (MQ=255) atatCAATCCCCTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTa < 1:465857/140‑1 (MQ=255) ccccTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACa < 2:96482/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGGGCAAAACGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAgg < 1:337442/140‑1 (MQ=255) ccTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAgg < 1:723535/140‑1 (MQ=255) cTTGTTGCCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTGCTGCTGACGGTCGGCTGGGTTGTGCGTGCTGTTGGTACCGTTACAGgc > 2:224977/1‑140 (MQ=255) ttgttgcCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTa > 1:842615/1‑128 (MQ=255) ttgttgcCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTa < 2:842615/128‑1 (MQ=255) tgttgcCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGGTCGTTTGTGCTTACTGTCGGTACCGTTACAGgcgc > 2:324169/1‑140 (MQ=255) tgttgcCCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGgcgc > 1:103858/1‑140 (MQ=255) | ACTCAGGTAATCATCATTATGTTTGATGATAATCAGATTACCGTAGCCGCGCAGCGCGTTACCAGCATAAACAACGCGGCCATCTGCGGTCGCGATAATTGCCTGTCCTTTGCTGCCTGCGATATCAATCCCCTTGTTG‑CCCCCC‑TCAGAAGCGCCAAAGGTTTCGATCACTTTGCCCTCAGTCGGCCAGCGCCAGGTGGAGATAGGCGTACTGGTTGATGTACTGCTGACAGTCGGCTCGGTTGTGCTTGCTGTTGGTACCGTTACAGGCGC > NC_000913/2867782‑2868054 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |