| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,969,180 | (T)6→7 | coding (150/1047 nt) | wzzE → | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,969,174 | 1 | . | T | 98.0% | 158.7 / ‑3.6 | 49 | coding (144/1047 nt) | wzzE | enterobacterial common antigen polysaccharide co‑polymerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/0); new base T (21/27); total (22/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.49e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
CACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACG‑TTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCAAACATGGCTTC > NC_000913/3969035‑3969299 | cacaACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACg > 1:13369/1‑140 (MQ=255) ccAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACG‑tttt‑t > 2:155999/1‑140 (MQ=255) tGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGTTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGATAATCGAGCTGGCATATACG‑tttt‑tttgc > 1:290648/1‑137 (MQ=255) tGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACG‑tttt‑tttgc > 1:690065/1‑137 (MQ=255) tGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGCTTGAGGTCATCGCGCTGGCGTGAACG‑TTTTGTTGCTCGt > 2:418210/1‑140 (MQ=255) ggAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCa > 2:473661/1‑140 (MQ=255) ggAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGCCTGGCGTTCGCGGTAAACGCGCTGGAGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCa > 2:347045/1‑140 (MQ=255) aCCGGCCGAAGACGCAGAAAATGAAATGGATATTCGTAGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAg < 1:347045/140‑1 (MQ=255) aaGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTc > 1:549469/1‑140 (MQ=255) aGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCg < 1:155999/140‑1 (MQ=255) aCGCTGAAAATGAACTGCATATGCGTGGGTTGTTTCGTATCTTGTGGGGTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGAc < 2:290648/140‑1 (MQ=255) cGCTGAAAATGAACTGGTTATTAGTGGGTTGTTTCTTACCTTGTGGGCAGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGGGCTCGACg < 2:263636/140‑1 (MQ=255) gCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACgg < 2:549469/140‑1 (MQ=255) aaaaTGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGAt < 1:570122/140‑1 (MQ=255) aaCTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGa < 1:825529/140‑1 (MQ=255) tGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCg < 1:473661/140‑1 (MQ=255) gATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGa > 2:705670/1‑135 (MQ=255) gATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGa < 1:705670/135‑1 (MQ=255) tatTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCa < 1:485413/140‑1 (MQ=255) tatTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCa < 2:798252/140‑1 (MQ=255) atTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCaa < 2:475176/140‑1 (MQ=255) atTCGTGGGTTGTTTCGAACCTTGTGGGCTGCGAAGCTATGGATTATTAGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCaa < 2:257791/140‑1 (MQ=255) gggTTGTTTCGTACCGTGTGGGGTGCGAATCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGa < 1:418210/140‑1 (MQ=255) ggTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGGGGAGCTCAACGGCGATTACCGCTCGTCCAACGGTGaa > 1:257791/1‑140 (MQ=255) gttTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATg > 1:629614/1‑140 (MQ=255) gttTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATg < 2:596792/140‑1 (MQ=255) gttTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAACATg < 2:717858/140‑1 (MQ=255) gttTCGTACCTTGTGCGCTGGGAAGCTATTGATTATTTGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATg < 1:254612/140‑1 (MQ=255) tttCGTACCTTGTGGGGTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGc > 1:64711/1‑140 (MQ=255) tttCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGc > 1:720520/1‑140 (MQ=255) tACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTgggg > 1:650054/1‑140 (MQ=255) tACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCCACGGCGATTACCGATCCTCCAGCGGTGAATATGCTgggg > 2:305970/1‑140 (MQ=255) tACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGACATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACg > 2:520339/1‑125 (MQ=255) tACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGACATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACg < 1:520339/125‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATGCGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAAc < 1:217666/123‑1 (MQ=255) aCCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAAc > 2:217666/1‑123 (MQ=255) tgtgGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTggg > 2:583003/1‑134 (MQ=255) tgtgGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTggg < 1:583003/134‑1 (MQ=255) tGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCg > 1:136872/1‑140 (MQ=255) cTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCgcagcagc > 1:209844/1‑140 (MQ=255) ggCATGGGGCTGGCGTTTGCGTGAATCGCGCTGGCTTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTa < 2:355464/140‑1 (MQ=255) tGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCt > 1:809278/1‑140 (MQ=255) tGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGt < 2:720520/140‑1 (MQ=255) tGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCCGGATGt < 2:209844/140‑1 (MQ=255) tGGCGTTTGCGTTAAGCGCGCTTGCTTATCCGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGt < 1:305970/140‑1 (MQ=255) ggCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTc > 2:122040/1‑140 (MQ=255) ggCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTc < 2:136872/140‑1 (MQ=255) gCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTcc < 2:13369/140‑1 (MQ=255) tGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCa > 1:627643/1‑140 (MQ=255) tGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCa > 1:25425/1‑140 (MQ=255) tGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCa > 1:201528/1‑140 (MQ=255) gTTAATCGCGCTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCAAAc < 2:629614/140‑1 (MQ=255) cgcTGGCGTATACGTTTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCAAACATGGCTTc > 1:42616/1‑140 (MQ=255) | CACAACCAATGCCTGGGAAACCGGCCGAAGACGCTGAAAATGAACTGGATATTCGTGGGTTGTTTCGTACCTTGTGGGCTGGGAAGCTATGGATTATTGGCATGGGGCTGGCGTTTGCGTTAATCGCGCTGGCGTATACG‑TTTT‑TTGCTCGTCAGGAGTGGAGCTCGACGGCGATTACCGATCGTCCAACGGTGAATATGCTGGGGGGATATTACTCGCAGCAGCAATTTTTGCGTAACCTGGATGTCCGTTCAAACATGGCTTC > NC_000913/3969035‑3969299 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |