| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 391,703 | (G)6→7 | pseudogene (1453/1458 nt) | yaiT → | putative autotransporter YaiT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 391,697 | 1 | . | G | 87.9% | 175.3 / 16.3 | 58 | pseudogene (1447/1458 nt) | yaiT | putative autotransporter YaiT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/5); new base G (28/23); total (30/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
CGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑T‑‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATAT > NC_000913/391560‑391827 | cGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAATTCCGACACTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACtggg‑tct > 2:368676/1‑138 (MQ=255) gAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑T‑‑g‑ggg < 2:793077/140‑1 (MQ=255) tCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑T‑‑g‑gggg‑gg < 2:503236/140‑2 (MQ=255) aaTTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACAGAATCTACTGGG‑T‑‑g‑gggg‑ggctga < 2:580885/140‑6 (MQ=255) aTTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCtgat < 2:508664/140‑1 (MQ=255) cTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCtgattgat > 1:836762/1‑139 (MQ=255) cTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCtgattgat < 2:836762/139‑1 (MQ=255) aGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTAc > 2:507279/1‑140 (MQ=255) gATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTAcc < 1:554092/140‑1 (MQ=255) aTTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCtgattgat > 1:620517/1‑124 (MQ=255) aTTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCtgattgat < 2:620517/124‑1 (MQ=255) ttAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATgg < 2:865628/140‑1 (MQ=255) aactaacGGTTCTTCGCTGAACGTTGGTGAATATGCCTATGTTGATACTGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGac < 2:259407/140‑1 (MQ=255) acGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACg < 2:79487/125‑1 (MQ=255) acGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACg > 1:79487/1‑125 (MQ=255) acGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAgg > 1:551398/1‑140 (MQ=255) acGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCAACTGGG‑T‑‑GCGGGT‑GCTCATTGATCCAACCCGCGTAATATGGACACAgg > 2:301360/1‑140 (MQ=255) ggTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGcc > 2:661033/1‑140 (MQ=255) cttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAg > 1:473817/1‑140 (MQ=255) aCATTCGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGTGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCt < 1:507279/140‑1 (MQ=255) tGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCAACGTAATGTGGACATAGGCCTGAGCGAGGTTCTTGtt > 1:256568/1‑140 (MQ=255) gATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGTCTAAGCGAGATTCTTGTTTTCAAAt > 1:351740/1‑140 (MQ=255) aTGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACAGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAAtt > 1:481170/1‑140 (MQ=255) ggCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGt > 1:525432/1‑140 (MQ=255) ggCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGt > 1:66545/1‑140 (MQ=255) gCTACGTTGATACCGATTATCTGACTATTAATTCCTACAGTACTGTTGGGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGtt < 2:351740/140‑1 (MQ=25) tACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTcc > 1:107042/1‑140 (MQ=255) cGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTAATTGATCCTACCCACGGAATATGGAAACATGCCGAAGCGAGGATCTTGTTTTCAAATTGTTCCgg > 2:241531/1‑140 (MQ=37) atcatcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GTTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGgccgc < 2:193471/140‑1 (MQ=255) atcTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCcac > 2:852246/1‑140 (MQ=255) aCTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTT‑‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCaa > 1:741668/1‑140 (MQ=255) ttAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACtgt > 2:771721/1‑140 (MQ=255) aCTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TGGG‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTgc > 1:510187/1‑140 (MQ=255) ccTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTgccgcc < 2:66545/140‑1 (MQ=255) ccTACAGTACTGTTGCGTTGACCAAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTgccgcc < 1:457152/140‑1 (MQ=255) cAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCaa > 2:61061/1‑126 (MQ=255) cAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCaa < 1:61061/126‑1 (MQ=255) cAGTACTGTTGCGTTCACCGAAGCTGCTGGG‑T‑‑G‑GGGGAGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCa < 1:408691/140‑1 (MQ=17) cAGTACTGTTGCGTTAACCGAATCTTCTGCG‑T‑‑G‑GGGGAGCTAATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCa < 1:241531/140‑1 (MQ=17) aGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCAc < 2:865378/140‑1 (MQ=255) gTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCAcc < 1:661033/140‑1 (MQ=255) tACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGGCAGGGGCCGCCACACCAGGTGTGCCGCCGCCACCg > 2:373605/1‑140 (MQ=18) aCTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGa < 1:771721/140‑1 (MQ=255) cTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAt > 2:176963/1‑140 (MQ=255) cTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGAt > 1:79546/1‑140 (MQ=255) ttGCGTTAACCGAATCTACGGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGt > 2:500133/1‑140 (MQ=255) cGTTGACCGAATCTACTTGG‑T‑‑GTGGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTCATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAAt < 2:253568/140‑1 (MQ=255) cGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAAt > 1:613657/1‑140 (MQ=255) cGTTGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAAt > 2:53600/1‑140 (MQ=255) ttGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCTGCCACCGATTGTAATca > 2:642652/1‑140 (MQ=255) ttGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCa > 2:85730/1‑127 (MQ=255) ttGACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCa < 1:85730/127‑1 (MQ=255) gACCGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATcaca < 2:481170/140‑1 (MQ=255) ccGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGTTTGTTCCTACCGACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACAtt < 1:301360/140‑1 (MQ=14) cGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGa < 2:152506/126‑1 (MQ=255) cGAATCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGa > 1:152506/1‑126 (MQ=255) aaTCTACTGGG‑T‑‑G‑GGGGCGCTGATTGATCCTTCCCTCGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGa < 2:276359/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGGTT‑‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 2:741668/140‑1 (MQ=255) tCTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 2:473817/140‑1 (MQ=255) cTACTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGatat < 1:53600/140‑1 (MQ=255) cTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata > 1:515298/1‑136 (MQ=255) cTGGG‑TG‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 2:515298/136‑1 (MQ=255) | CGGAATCTAAATTAACTTCAGATACTATCGATTTAACTAACGGTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGG‑T‑‑G‑GGGG‑GCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATAT > NC_000913/391560‑391827 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |