Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	NC_000913	1433355	1433529–1433373	19–175	18 [9]	[9] 12	pinR	Rac prophage; putative site‑specific recombinase

CTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGA  >  NC_000913/1433528‑1433669   |                                                                                                                                            cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTATTGTATTCTTCGTTTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    <  1:383037/140‑1 (MQ=2) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    <  1:773877/140‑1 (MQ=11) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    >  2:773877/1‑140 (MQ=11) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTCAACTAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    >  2:383037/1‑140 (MQ=2) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGAATTTCGGTGGTCTGATCGAGCGTTGAAATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    >  2:264237/1‑140 (MQ=2) cTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTAAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    >  2:563702/1‑140 (MQ=11) cTCACTGGTTGCTGCAGAGCCGTTAATGTTTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTc    <  1:311462/140‑1 (MQ=2)  tCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCg   >  2:506790/1‑140 (MQ=31)  tCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATGTTCGGTGGGCTGTTCCAGCGTTGATGTCCGGCAGTAAGCAAAAATTCg   >  2:244970/1‑140 (MQ=11)   cACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCga  <  1:575312/140‑1 (MQ=32)   cACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCga  <  2:459920/140‑1 (MQ=32)   cACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCga  <  2:611393/140‑1 (MQ=32)   |                                                                                                                                            CTCACTGGTTGCTGCTGAGCCGCTAATGTGTTCTTCGATTATTTGCTGAGGTTTGATTTTAAAACCTGCACTTTCGATTTCCCGGCGTTGATTTTCGGTGGTCTGATCCAGCGTTGATATCCGACAGTAAGCAAAAATTCGA  >  NC_000913/1433528‑1433669

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑