| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,735,284 | T→C | intergenic (+34/‑94) | mepH → / → sodB | peptidoglycan DD‑endopeptidase MepH/superoxide dismutase (Fe) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,735,284 | 0 | T | C | 98.3% | 205.9 / NA | 60 | intergenic (+34/‑94) | mepH/sodB | peptidoglycan DD‑endopeptidase MepH/superoxide dismutase (Fe) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (23/36); minor base G (1/0); total (24/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGTCAGGAAATTCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTACCTGCACTACCATATGCTAAAGA > NC_000913/1735155‑1735415 | ggTCAGGAAATTCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTg > 2:529892/1‑140 (MQ=255) aaaTTCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTCTTGTTACGGCAACAGGCTAAGCTCATCTTTTGTCTCAcc > 2:296549/1‑140 (MQ=255) tCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTGCCCTGTTGGTACAGCAGCAGGGTAAGCTCAGCTTTTGTCTCACCtttt > 2:225289/1‑140 (MQ=255) tCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCtttt > 2:728561/1‑140 (MQ=255) tCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCtttt > 2:164354/1‑140 (MQ=255) tCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCGAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCtttt > 2:520318/1‑140 (MQ=255) cAAATCACTTCTCTCTGTGAAGACTACTGTCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGACGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa < 1:366568/140‑1 (MQ=255) cAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa < 1:748257/140‑1 (MQ=255) cAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTAACCTGTTGTAACGGCAAGAGGGTAAGGTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa > 2:272303/1‑140 (MQ=255) tCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAAttt < 1:426969/140‑1 (MQ=255) cACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTCTGTCGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTg < 2:356732/140‑1 (MQ=255) ttCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa > 2:805967/1‑132 (MQ=255) ttCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTa < 1:805967/132‑1 (MQ=255) ctctcAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAcc < 2:722285/140‑1 (MQ=255) tctcAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAccc < 1:520318/140‑1 (MQ=255) gacaggtgtAGACTACTTGCAGGGCCACTATGTTGGCGCACGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTAccc < 2:403911/135‑1 (MQ=255) 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actactGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGGAAGCTCATCTTTCGACTCACCTTTTAATTTGATACCCTATCCATACGc > 2:397868/1‑140 (MQ=255) tactGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGcac < 1:728561/140‑1 (MQ=255) ctGGCAGCGCCACTATGTTGGCTCTCGTCGGTTAATGACCCCAAAAACCCTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa < 2:337126/140‑1 (MQ=255) ctGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa > 1:505693/1‑140 (MQ=255) ctGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa < 2:142856/140‑1 (MQ=255) ctGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACaa > 2:165980/1‑140 (MQ=255) tGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTTTCACCTTGTAAGTTACTACCCGATCCATACGcctgtc > 1:403911/1‑135 (MQ=255) gCAGCGCCACTATGTTGTCGCTCGTCGGGTATTGAACCCTAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATaa < 2:403592/140‑1 (MQ=255) gCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATaa < 2:21209/140‑1 (MQ=255) cAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAg < 2:781286/140‑1 (MQ=255) aGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCATCTTTTAATTTGATAACCTATCCATACGCACAATAAgg > 1:348305/1‑140 (MQ=255) aGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAgg < 1:165980/140‑1 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tCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGgaga > 2:143100/1‑128 (MQ=255) tCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGgaga < 1:143100/128‑1 (MQ=255) cGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCAt > 2:468363/1‑140 (MQ=255) aCTTTACCCTGTTGTGACGGCAGCATGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAAtt < 1:296549/140‑1 (MQ=255) tttACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTAc < 1:39629/140‑1 (MQ=255) tgttgtTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGTTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTAc < 2:149145/133‑1 (MQ=255) tgttgtTACGGCAACAGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGTTACCCTATCCATACGCACAATAAGCCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTAc > 1:149145/1‑133 (MQ=255) aGGGTAAGCTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTACCTGCACTACCATATGCTAAAGa < 1:468363/140‑1 (MQ=255) | GGTCAGGAAATTCAAATCACTTCTCTCAGTGAAGACTACTGGCAGCGCCACTATGTTGGCGCTCGTCGGGTAATGACCCCAAAAACACTTCGCTAAAACTTTACCCTGTTGTTACGGCAACAGGGTAAGTTCATCTTTTGTCTCACCTTTTAATTTGCTACCCTATCCATACGCACAATAAGGCTATTGTACGTATGCAAATTAATAATAAAGGAGAGTAGCAATGTCATTCGAATTACCTGCACTACCATATGCTAAAGA > NC_000913/1735155‑1735415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |