| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,956,871 | G→A | A46V (GCG→GTG) | torZ ← | trimethylamine N‑oxide reductase 2 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,956,871 | 0 | G | A | 97.8% | 145.7 / NA | 46 | A46V (GCG→GTG) | torZ | trimethylamine N‑oxide reductase 2 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (20/25); minor base C (0/1); total (20/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAA > NC_000913/1956739‑1957001 | aCCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAGTCTTGCCGTCCGTCTCTTCTAAGTTCATCACTCCCCa > 1:232554/1‑140 (MQ=255) aTGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCcg < 1:492019/140‑1 (MQ=255) tGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGt > 2:76848/1‑140 (MQ=255) aaTACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGa > 2:431954/1‑140 (MQ=255) aCGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGa < 2:21165/140‑1 (MQ=255) aCGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCCTAGACTGGAAGGAATTTGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGa < 2:314697/140‑1 (MQ=255) gcCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGAtttt > 2:710093/1‑140 (MQ=255) ccGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTa < 1:577268/140‑1 (MQ=255) cGTGGTGTGTACCTGATGCGCCGCCGTAGACCGTACGGATTTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTAc < 2:251305/140‑1 (MQ=255) tggtgTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCg < 1:76848/140‑1 (MQ=255) tggtgTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCg < 2:511109/140‑1 (MQ=255) aCCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCcttctc < 1:502011/140‑1 (MQ=255) gATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCcttctcttct > 2:544660/1‑140 (MQ=255) gATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCACCcttctcttct > 1:570317/1‑140 (MQ=255) aTCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGAGGTGAGCATTTTAACGCCCTTCTCTTCTg > 1:309867/1‑140 (MQ=255) tCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGc < 1:431954/140‑1 (MQ=255) gccgccgTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCa > 2:739688/1‑140 (MQ=255) ccgccgTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCAt < 1:554486/140‑1 (MQ=255) ccgccgTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCAt < 2:34168/140‑1 (MQ=255) gACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAg < 2:74390/140‑1 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGtg < 1:67751/140‑1 (MQ=255) tAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGtg > 2:604334/1‑140 (MQ=255) aaGGAATTCGGCATGGCTTTCGCCCGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGtgc > 2:149271/1‑140 (MQ=255) aTTCGGTATGGTTTTCGTCAGCACGCCTGTTAAAGAAACAATCTTGCCTTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCg < 2:309867/140‑1 (MQ=255) aTTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTGTTCGGCGCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCg > 1:248854/1‑140 (MQ=255) ttCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGa > 2:170360/1‑140 (MQ=255) ttCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGACCTTCTCGTCTGCCTATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGa > 1:224394/1‑140 (MQ=255) tCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGAt > 2:87503/1‑140 (MQ=255) ggTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTcacca > 2:206684/1‑140 (MQ=255) ttttCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCaccacc > 1:498069/1‑140 (MQ=255) cGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAgcg < 1:604334/140‑1 (MQ=255) aGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTcc < 1:170360/140‑1 (MQ=255) cgcgcCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTcc > 1:831661/1‑138 (MQ=255) cgcgcCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTcc < 2:831661/138‑1 (MQ=255) cgcgcCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAg > 2:536874/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAg > 2:568239/1‑140 (MQ=255) gcgcCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGc < 1:708363/140‑1 (MQ=255) aagaaACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCg < 1:568239/140‑1 (MQ=255) agaaACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGc < 1:710093/140‑1 (MQ=255) aaaCAATCTTGCCGTACTTCACCTCTACGTTCATCACACCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTACTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCtg < 1:220238/140‑1 (MQ=255) cTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTtaa < 1:149271/140‑1 (MQ=255) gTCCTTCACTTCTACGTACATCCCTCCCCAACGTCCCGCCGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAAtt < 2:248854/140‑1 (MQ=255) ttCACTTCTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACg < 1:206684/140‑1 (MQ=255) cTACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTCAGGCTTTCACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGtt < 2:232554/140‑1 (MQ=255) tACGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTa < 1:87503/140‑1 (MQ=255) aCGTTCATCACTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGTCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTaa > 1:326976/1‑140 (MQ=255) | ACCATCGGATGCTGAATACGCGCCGTGGTGTGTACCTGATCCGCCGCCGTAGACTGTAAGGAATTCGGTATGGTTTTCGCCAGCGCGCCTGTTGAAGAAACAATCTTGCCGTCCTTCACTTCTACGTTCATCGCTCCCCAACGTCCCGCGGTGAGGATTTTACCGCCCTTCTCTTCTGCCCATGCGGGGAGCGGTGCTGCCGATGTCACCACCAGCGCTCCAGCGGCAATACCGCTGTGTTTAATAAATTCACGTCTTGTTAA > NC_000913/1956739‑1957001 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |