Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,234,448 | C→T | A139V (GCC→GTC) | preT → | NAD‑dependent dihydropyrimidine dehydrogenase subunit PreT |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,234,448 | 0 | C | T | 97.8% | 142.4 / NA | 45 | A139V (GCC→GTC) | preT | NAD‑dependent dihydropyrimidine dehydrogenase subunit PreT |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (25/19); minor base A (1/0); total (26/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATT > NC_000913/2234313‑2234584 | cTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAgt > 1:591215/1‑140 (MQ=255) cTCCCATTGATATCGCCCGCTTCCACCGTTTTGTTACAGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAgt < 1:298472/140‑1 (MQ=255) tCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAgtg < 2:545038/140‑1 (MQ=255) cccATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGGTTATTGGAGCAGGTACTGCCGTATTGCAGGTCAgtgt > 1:225722/1‑140 (MQ=255) cATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCCAAGTCGCGGTTAATGGAGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGa > 2:298472/1‑140 (MQ=255) cATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGa > 1:655507/1‑140 (MQ=255) aTTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTCTTGGCGCGGGTGCTACCGGATCGCAGGTCAGTGTGac > 1:229807/1‑140 (MQ=255) tatCGGCCGCTTACAGCGTCTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGa < 1:490522/140‑1 (MQ=255) tatCGGCCGCTTACAGCCTTTTCTTACTGATTTTGCACATCAAACCGGCATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGa < 2:225722/140‑1 (MQ=255) atCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCACAGGTCCGGCCGGAGTGCAGGACAGTGTGACACTGAc > 1:229598/1‑140 (MQ=255) cGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACaa > 2:587076/1‑140 (MQ=255) cTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAgg > 2:639245/1‑140 (MQ=255) ttACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTCCAGTTCTGTGTGACACTGACAAACCAggg > 1:309312/1‑140 (MQ=255) aCAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGtt < 1:639245/140‑1 (MQ=255) ttGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTc > 1:812069/1‑140 (MQ=255) tGTTACTGATTTTGAACAACAACCCGGAATGGAAATTTAGCAGCCCGGCACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCa < 2:354738/140‑1 (MQ=255) tGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCa < 2:591215/140‑1 (MQ=255) tGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCa > 1:636790/1‑140 (MQ=255) gTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCAc < 1:587076/140‑1 (MQ=255) ttACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACg < 1:138432/140‑1 (MQ=255) gATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACTAGGGTTATGACGTCACGATTTa > 1:354738/1‑140 (MQ=255) gATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCa < 2:624474/133‑1 (MQ=255) gATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCa > 1:624474/1‑133 (MQ=255) aTTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCTCGTTTATTGTCGCAGGTCCTGCCCGATGGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTaa > 2:68502/1‑139 (MQ=255) ttttGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATg > 1:17695/1‑140 (MQ=255) tGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATgaga > 1:694280/1‑140 (MQ=255) ggAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTg > 2:594214/1‑140 (MQ=255) tttATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTgg < 1:117332/140‑1 (MQ=255) tttATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTgg < 2:655507/140‑1 (MQ=255) gCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATATATGAGAAAGAAGCGCACCCCAGTGGCTGGTTGCGTa > 1:415365/1‑140 (MQ=255) aaaCGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCCGGTACTGCCGGATTGCTGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCg < 2:309312/140‑1 (MQ=255) aaaCGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCg > 2:834684/1‑140 (MQ=255) aaaCGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCg > 1:440651/1‑140 (MQ=255) aCGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCa < 2:17695/140‑1 (MQ=255) cTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGTGCAACGCGGTGGCTGGCTGCGAAACGGTATTCCGCAAtt > 2:391011/1‑140 (MQ=255) cgATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCaa > 1:58356/1‑140 (MQ=255) tGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGc < 1:594214/140‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTCCTGCCCGATTGCAGGTCAGAGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCt < 1:391011/140‑1 (MQ=255) aGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACTAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg > 2:545807/1‑140 (MQ=255) aGGTCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg > 2:526638/1‑140 (MQ=255) tCCTGCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCag < 2:812069/140‑1 (MQ=255) gCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGc > 2:602211/1‑127 (MQ=255) gCCGGATTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGc < 1:602211/127‑1 (MQ=255) aTTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGccc > 1:24029/1‑140 (MQ=255) aTTGCAGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGccc > 2:821702/1‑140 (MQ=255) aGGTCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTAtt < 2:694280/140‑1 (MQ=255) | CTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATT > NC_000913/2234313‑2234584 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |