Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,297,738 | T→C | K174K (AAA→AAG) | napC ← | periplasmic nitrate reductase cytochrome c protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,297,738 | 0 | T | C | 97.7% | 143.8 / NA | 44 | K174K (AAA→AAG) | napC | periplasmic nitrate reductase cytochrome c protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (23/20); total (23/21) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATCCCGCTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCTTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTC > NC_000913/2297603‑2297873 | aTCCCGCTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCa < 1:786699/140‑1 (MQ=255) cccGCTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCAcc > 1:605116/1‑140 (MQ=255) cGCTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCATGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGc < 2:514813/140‑1 (MQ=255) cTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCt > 2:458808/1‑140 (MQ=255) cacaAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTgg < 2:815620/140‑1 (MQ=255) aaCTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCAt > 2:171313/1‑140 (MQ=255) aCTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAAAACAGGTTGGCCAATGCTTCACAGCCTGGTCATGCATc > 1:253879/1‑140 (MQ=255) tGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTcgcg > 2:1396/1‑140 (MQ=255) gCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGc > 2:65131/1‑140 (MQ=255) tACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCCCCGCCTGGTCATCCATCCTCGCGGCAACCGATTTc > 2:334285/1‑140 (MQ=255) cccACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTCCCCATCCTCCACAGCCGGGTCATGCCTCTTTGCGGCAACCGATTTCTg > 2:258491/1‑140 (MQ=255) ccACGCAATAACCCTGTTAAAACCCCGGCCCGACTTCCCGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTgg < 1:334454/140‑1 (MQ=255) ccACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTgg < 1:762097/140‑1 (MQ=255) cACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTggg < 1:1396/140‑1 (MQ=255) cACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTggg < 2:653222/140‑1 (MQ=255) gCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTTGTCGTGCATCTTAGCGGATACCGATTTCTGGGCgg > 2:414928/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aaaCCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTc < 1:177090/140‑1 (MQ=255) cTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGa < 1:74939/137‑1 (MQ=255) cTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGa > 2:74939/1‑137 (MQ=255) atCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACt > 1:640277/1‑140 (MQ=255) gggCAGCTTGTGCGCGATCCCTATAAGGCCATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCt < 1:334285/140‑1 (MQ=255) cAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCg < 2:605116/140‑1 (MQ=255) gCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTAACAGTTCCGGCACTCCTGCGAg > 1:390650/1‑140 (MQ=255) ttGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGtt < 2:92683/140‑1 (MQ=255) ttGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGtt > 2:101174/1‑140 (MQ=255) gtgCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTCTATCCATATACTAGTAGTTGTGACATTTACGACACTCCTGCGAGTTAt > 2:409778/1‑140 (MQ=255) tgCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTAtt < 1:209743/140‑1 (MQ=255) aTCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGATGTGACAGTTACGGGACTCCTACGAGTTATTGTCCtt > 1:341119/1‑140 (MQ=255) tCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAg > 1:449770/1‑128 (MQ=255) tCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAg < 2:449770/128‑1 (MQ=255) cTTTATGGCAATCAAGACAGGTTTCCCCATCCTTCACGGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATg < 1:414928/140‑1 (MQ=255) cTTTATGGCAATCAACACAGGTCTCCCCACCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATg < 1:227309/140‑1 (MQ=255) tATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATgcgc < 1:171313/140‑1 (MQ=255) aTGGCAATCAATACAGGTTTGCGCATCCTTCACCGACTGCTCATGCATATTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGcgcc < 2:341119/140‑1 (MQ=255) 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cccATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTGCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCg > 1:33290/1‑140 (MQ=255) cccATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCAtt < 2:519411/129‑1 (MQ=255) cccATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCAtt > 1:519411/1‑129 (MQ=255) cATCCTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTc < 2:655895/140‑1 (MQ=255) cATCCTTCACCGCCTGGACATGCATCTTCGCCGCAGCCGTTTTCTGGGAGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTc < 2:253879/140‑1 (MQ=255) | ATCCCGCTCACAAAGTAACTCTCTGGCTTCAAGCATACCCACGCAATAACCCTGTTAAAAACCTGGCTCGACTTCACGCATATCGGGCAGCTTGTGCGCTATCCCTTTATGGCAATCAATACAGGTTTGCCCATCTTTCACCGCCTGGTCATGCATCTTCGCGGCAACCGATTTCTGGGCGGTTGTATCCATATACTCGAAGTTGTGACAGTTACGGCACTCCTGCGAGTTATTGTCCTTCATGCGCCGCCACTCATTCTGTGCCATCGTC > NC_000913/2297603‑2297873 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |