| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,510,853 | T→C | R408R (CGT→CGC) | yfeO → | putative transport protein YfeO |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,510,853 | 0 | T | C | 98.2% | 184.8 / NA | 54 | R408R (CGT→CGC) | yfeO | putative transport protein YfeO |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (25/28); minor base A (0/1); total (25/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGA > NC_000913/2510718‑2510988 | aaCACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTTCTACCCCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGACATGGCTGATCTGTACCGGTAAGCCTATGGGGATGGTCCATCGccccc > 2:227907/1‑138 (MQ=255)aaCACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGa > 2:843941/1‑140 (MQ=255) acGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGc < 1:822386/140‑1 (MQ=255) gcgATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGGAGGGAAGACGAGGAAGATGGTAAATCGCCCGAAGCaa > 1:276829/1‑140 (MQ=255) gcgATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGTTGATGGTCAATCGCCCGAAGCaa > 1:616509/1‑140 (MQ=255) gcgATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGCAGCaa > 1:42888/1‑140 (MQ=255) aTGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGGCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCACGGCTGTTAATAGCAGGTAAGCCGATGATGATAGTCAAAAGCCCGAAGCAAAAg > 2:686355/1‑140 (MQ=255) tGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTTTTAACAGGGAAGCCGATGATGATGGTCAAACGCCCGGAgggagacc > 2:809666/1‑133 (MQ=255) tGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCAcc < 1:104710/140‑1 (MQ=255) tGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTAATAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCAcc < 1:525866/140‑1 (MQ=255) tATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGttt < 1:809666/140‑1 (MQ=255) ggcggcAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGc < 1:686355/140‑1 (MQ=255) gTTGTACCCAATTCCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGct < 1:440621/140‑1 (MQ=255) gTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGct < 1:683603/140‑1 (MQ=255) gTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGct < 1:749827/140‑1 (MQ=255) gTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCtctc < 1:605715/140‑1 (MQ=255) ccAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATTGTCCTGCGTCCGGCATTGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCttt < 2:257563/140‑1 (MQ=255) cacaTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGTTGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGAttt < 2:616509/140‑1 (MQ=255) cacaTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAAAAGCCACCCTACGATAAAGTTTAGCAAAAAATACTCTCCTGTATGAttt > 2:396771/1‑140 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTaa > 2:500696/1‑140 (MQ=255) caTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTaa > 1:774565/1‑140 (MQ=255) aTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGGTGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAag > 2:744247/1‑140 (MQ=255) aTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAag > 1:620049/1‑140 (MQ=255) aTTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAag > 2:753498/1‑140 (MQ=255) tGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAagag > 1:532337/1‑140 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGTTCTCCTTTATGATTTAAGAGtt > 1:173849/1‑140 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGtt > 2:654578/1‑140 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGtt > 2:116112/1‑140 (MQ=255) cTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACATTTAGCATAAAGTGGTCTCCTGTATGATTTAAGAGtt > 1:256521/1‑140 (MQ=255) aCCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTAt < 1:74402/140‑1 (MQ=255) tgctCTGTATCGTCATGCTTCCAGCATGGATGTTATTGGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCga < 1:396771/140‑1 (MQ=255) tGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCACCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATa < 1:753138/140‑1 (MQ=255) tCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTACTTTATGATTTGAGAGTTATGACGATGATACGGGGCt > 1:301828/1‑140 (MQ=255) tGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTa > 2:28201/1‑140 (MQ=255) gCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 1:843941/140‑1 (MQ=255) gCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 2:10502/140‑1 (MQ=255) gCTTCCGGCATGGCTCTTATTACCACGTAGGCCGATGTTGATGGTCAAACGACCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAc < 1:260050/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACGGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAcc > 1:864/1‑140 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACgggg < 2:177697/133‑1 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACgggg > 1:177697/1‑133 (MQ=255) cTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTAcc > 2:533186/1‑140 (MQ=255) ttCCGGCATGGCTGTTATTAGCCGGTAAGCCCATGATGATGGTCAATCCCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:301828/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:214247/140‑1 (MQ=255) ttCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCt < 2:807394/140‑1 (MQ=255) ccGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACGGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc < 2:864/140‑1 (MQ=255) ccGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTcc > 2:692678/1‑140 (MQ=255) ggCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGGGTTATGGTGATTATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAat > 1:326116/1‑140 (MQ=255) tGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATAtt < 2:532337/140‑1 (MQ=255) cAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACa > 1:23789/1‑140 (MQ=255) ggTAAGCCGATGATGATAGTCAATCGCCCGAAGCAGCAGTCACCCCACCATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAgg < 2:256521/140‑1 (MQ=255) gTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGc > 1:130125/1‑140 (MQ=255) gatgatgatGGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGAc < 1:116112/140‑1 (MQ=255) tgatgatgGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATAGTGCGTTGACAGGCCGCTGACgg > 1:338232/1‑140 (MQ=255) gatgatgGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTGCCTCCCCGTAAGATGGCGTTAGCAGGCCGCTGACGGc > 1:276301/1‑140 (MQ=255) gatgGTCAATCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTc < 1:753498/140‑1 (MQ=255) tgGTCAATCGCCCGAAGGAACAGCCACCCCACGATAACGGTTAGCAAATAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATCGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGa < 2:326116/140‑1 (MQ=255) aTCGCCCGAAGCAACAGCCACCTCATGATCACGTTTACCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa < 1:227907/140‑1 (MQ=255) aTCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa < 2:42888/140‑1 (MQ=255) aTCGCCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGa > 1:772819/1‑140 (MQ=255) | AACACGCGATGGCTGGTTAAGTCTTTTTATGGCGGCAGTCGTTGTACCCAATACCACATTGCTACCGCTGCTCTGTATCGTCATGCTTCCGGCATGGCTGTTATTAGCAGGTAAGCCGATGATGATGGTCAATCGTCCGAAGCAACAGCCACCCCACGATAACGTTTAGCAAAAAATGCTCTCCTTTATGATTTAAGAGTTATGGCGATGATACGGGGCTTTACCTCCCCGTAATATTGCGTTAACAGGCCGCTGACGGCTTCGAGCGTGA > NC_000913/2510718‑2510988 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |