Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,266,958 | C→T | P36P (CCG→CCA) | tdcA ← | DNA‑binding transcriptional activator TdcA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,266,958 | 0 | C | T | 97.9% | 151.3 / NA | 48 | P36P (CCG→CCA) | tdcA | DNA‑binding transcriptional activator TdcA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (31/16); total (32/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTCACGGGTAATGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGA > NC_000913/3266826‑3267092 | ttcaCGGGTAATGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAg < 1:184090/140‑1 (MQ=255) aTGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAAc < 1:200071/135‑1 (MQ=255) aTGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAAc > 2:200071/1‑135 (MQ=255) aTGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGGTAATGATGTTAGTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTaa > 1:241956/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGaa > 1:23739/1‑140 (MQ=255) gACCGGCAGGTGTTAATTTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTAACCCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCa < 2:655941/140‑1 (MQ=255) gACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCa > 2:48554/1‑140 (MQ=255) cccGGCAGGTGTTAATTCTACATCGGTATTTCTCCCCACCACTAATTCTACACAAAAATAATCTTAAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTACCCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCAc < 2:241956/139‑1 (MQ=255) ggTGTTAATTTTCCCCCGTTTTTTTCCCCCCCCCTTAATTCCCCACAAAAATAATCTTCAATTTCTTTAAGGATTTTCCGGAGGGCTGGTTGAGTTACCCCTAATTTTTTTGCGGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAAt < 2:50344/140‑1 (MQ=255) ggTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTACCCCTAATTCTTTTGCACCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAAt < 2:5283/140‑1 (MQ=255) tGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCt > 2:454039/1‑140 (MQ=255) acacCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGaaa > 1:567393/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAc > 2:838859/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAc > 2:727015/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAc > 2:77608/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAG‑CGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAcc > 2:603715/1‑140 (MQ=255) gTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAc > 2:444698/1‑140 (MQ=255) tATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTAcc > 2:574074/1‑140 (MQ=255) ttttCCGCACCACTAATTCCACACAAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAgg < 2:567393/140‑1 (MQ=255) aaTTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCgg < 1:756842/140‑1 (MQ=255) aaTTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCgg < 1:77608/140‑1 (MQ=255) aaTTCCACACAAAAATATTCTTAAATATCGTCAATTTTTGTACTGAGGTCTGTTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCgg < 2:346537/140‑1 (MQ=255) aaTCCCACACAAAAAAAATCTTGAATATCGTGAATGATTCTCGTGGCGTGGGGTTGCGTAACCCATACTTTTATCGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCgg < 2:334631/140‑1 (MQ=255) acacCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGgaagaag > 1:840136/1‑140 (MQ=255) acacCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGgaagaag > 1:454784/1‑140 (MQ=255) acacCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCATGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGgaagaag > 2:316066/1‑140 (MQ=255) acacCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTACCTGAAAGACTCCCGGGTGCTGCGTTTTCGgaagaag > 1:346537/1‑140 (MQ=255) acCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGgaagaagaa 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< 2:485657/140‑1 (MQ=255) tCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCAt > 2:657478/1‑140 (MQ=255) ttCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTATTTTTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATaa < 1:117939/140‑1 (MQ=255) ttCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATaa > 1:432733/1‑140 (MQ=255) cAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGCAAGACTACCAGGTGATGCGTTTTCGAAAGAAGAATAGTGCTCATAACg > 2:394841/1‑140 (MQ=255) aaTATCGTTAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTGTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACgc > 2:39484/1‑139 (MQ=255) atatCGTTAATTATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTACCCATAATTTTTTTGCACCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGAc 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< 1:721686/140‑1 (MQ=255) ttAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTa < 2:38684/137‑1 (MQ=255) ttAATGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTa > 1:38684/1‑137 (MQ=255) aaTGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGAc > 2:646330/1‑132 (MQ=255) aaTGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGAc < 1:646330/132‑1 (MQ=255) aaTGATTTTACTGACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTa > 1:101478/1‑140 (MQ=255) gcgggCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTGCCACCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTg < 2:95773/137‑1 (MQ=255) gACGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTg < 2:101478/140‑1 (MQ=255) ccGGCTGGTTGAGTTACCCCTAATTTTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGa < 2:432733/139‑1 (MQ=255) aCGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGa > 2:524227/1‑140 (MQ=255) aCGGCTGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGa < 2:454784/140‑1 (MQ=255) | TTCACGGGTAATGGATTCGGAACGGGAGAGTAACAATTGACCGGCAGGTGTTAATGTTACACCGGTATTTTTCCGCACCACTAATTCCACACCAAAATAATCTTCAATATCGTTAATGATTTTACTGACGGCCGGTTGAGTTAACCCTAATTCTTTTGCAGCCGAGCCGATAGAACCACTTCTAATGACTTCCTGAAAGACTACCAGGTGCTGCGTTTTCGGAAGAAGAATAGTGCTCATAACGACCTACGTTAATTACCTCATTGA > NC_000913/3266826‑3267092 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |