| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,250,878 | A→G | pseudogene (176/1581 nt) | yjbI → | pentapeptide repeats‑containing protein YjbI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,250,878 | 0 | A | G | 98.8% | 275.7 / NA | 82 | pseudogene (176/1581 nt) | yjbI | pentapeptide repeats‑containing protein YjbI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (42/38); total (43/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
TTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAACGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATGCGCAGGGGTATAT > NC_000913/4250741‑4251013 | tttGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTAGATCAGCAATATTTTATCAAATATAAAACAACGGAGCg > 1:331614/1‑140 (MQ=255) aaCATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATc > 2:718538/1‑140 (MQ=255) aaCATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATc > 2:754750/1‑140 (MQ=255) atgTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCaa > 2:207581/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTaa > 2:826590/1‑140 (MQ=255) gATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAAt < 1:723758/140‑1 (MQ=255) gATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATACGTCTCGTGACGTCTCAATCAGTAAt > 1:364752/1‑140 (MQ=255) gATTTACTACGTAATTTAAATGCGGCGCCTGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAAt < 1:302714/140‑1 (MQ=255) gATTTACTACGTAATCTAAATGCGGCGCCAGGTTTAATCAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAAt < 1:229023/140‑1 (MQ=255) aTTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAGCGAAAAAATCAAGCAATAAATATATTACGTGAAGTCTCAATCAGTAATg > 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1:805511/140‑1 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATgcg < 2:110516/129‑1 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATgcg > 1:99100/1‑129 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATgcg > 1:110516/1‑129 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATgcg < 2:99100/129‑1 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATGCGCAgg > 2:664798/1‑133 (MQ=255) cGGAGCGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATGCGCAgg < 1:664798/133‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |