Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 4,599,590 | A→G | intergenic (‑149/+105) | opgB ← / ← yjjA | phosphoglycerol transferase I/DUF2501 domain‑containing protein YjjA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,599,590 | 0 | A | G | 97.4% | 124.5 / ‑4.2 | 39 | intergenic (‑149/+105) | opgB/yjjA | phosphoglycerol transferase I/DUF2501 domain‑containing protein YjjA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (22/16); total (23/16) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 |
GCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTACGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGCCCCT > NC_000913/4599464‑4599717 | gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGt < 2:774877/131‑1 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGt > 1:774877/1‑131 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTc < 2:89653/137‑1 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTc < 2:45872/137‑1 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTc > 1:89653/1‑137 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTc > 1:45872/1‑137 (MQ=255) gCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCg < 1:791834/140‑1 (MQ=255) ccGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCgt > 2:54919/1‑140 (MQ=255) tttAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTa > 2:132295/1‑140 (MQ=255) tAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGGCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTCATTGCGGTCACTTCCCGTGTAAc < 2:589236/140‑1 (MQ=255) aCGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTACGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGt > 2:196638/1‑140 (MQ=255) ttAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTaaaa < 2:662141/140‑1 (MQ=255) ttAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTaaaa < 1:132295/140‑1 (MQ=255) ttttGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCa > 2:561389/1‑140 (MQ=255) tttGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAg > 2:4988/1‑140 (MQ=255) aaGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAg > 1:446325/1‑140 (MQ=255) acaATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGaa < 2:446325/140‑1 (MQ=255) acaATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGaa < 1:561389/140‑1 (MQ=255) acaATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGaa < 1:776489/140‑1 (MQ=255) tGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAgg > 2:646083/1‑140 (MQ=255) tGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGaa < 1:148690/131‑1 (MQ=255) tGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGaa > 2:148690/1‑131 (MQ=255) 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taAACAGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTc > 1:52284/1‑140 (MQ=255) aGACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGccc > 2:737163/1‑140 (MQ=255) gACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGcccc < 1:35651/140‑1 (MQ=255) gACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGcccc < 1:637228/140‑1 (MQ=255) gACTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGCGCAGGAGAAAGCCGCGTCAGCCGGGAAACAGCTAACACGCGACCGTTCGCGGCTCAGTTAATGAAGATCAGcccc > 2:399578/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTTGATTGCGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGCCCCt < 1:810273/140‑1 (MQ=255) | GCCGTTTAGCCAACGTTTAAGCTTTTTGAGAAGCACAATGTAATGGCGTCGCCATATTGCTGCAATTCTAGTGTCAAAAAAATGCGATGTTGTTAGGAATTAGTTTATAAACAGACTTTTTTGATTACGGTCACTTCCCGTGTAACAGGGGTAAAACCGTCCAGGAGCAGGGAAAAGGGCAGGAGAGAGCCGCGTCAGCCGGGTAACAGCTAAAACGCGGCGTTTCGCGGTTCAGGAAATGAAGTTCAGCCCCT > NC_000913/4599464‑4599717 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |