Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 421,903 | C→T | G306G (GGC→GGT) | proY → | putative transporter ProY |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 421,903 | 0 | C | T | 97.9% | 155.5 / NA | 49 | G306G (GGC→GGT) | proY | putative transporter ProY |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (18/29); total (20/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTA > NC_000913/421768‑422034 | tCAGGTTGGCACTGCTGGTAGCTCGCTCGCGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTa < 1:260415/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTa < 1:776/140‑1 (MQ=255) tCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTa < 2:725761/140‑1 (MQ=255) ttGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTc < 2:840245/140‑1 (MQ=255) ttGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTc < 2:28220/140‑1 (MQ=255) gCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCAc > 2:835764/1‑140 (MQ=255) gCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCAc > 2:102009/1‑140 (MQ=255) aCTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACgg < 2:596985/140‑1 (MQ=255) cGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATgg < 2:655889/140‑1 (MQ=255) cGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATgg < 1:605163/140‑1 (MQ=255) gTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAgg > 1:442153/1‑140 (MQ=255) cTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGAATTTGGCGTAGGACGTGTGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAgcgc > 2:270840/1‑140 (MQ=255) atGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAg > 2:82402/1‑140 (MQ=255) atGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAg < 2:476261/140‑1 (MQ=255) gggCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCa > 2:703779/1‑140 (MQ=255) ttACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcg > 2:854497/1‑140 (MQ=255) tACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcgt < 2:101534/140‑1 (MQ=255) tttGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcgtcgcg < 1:854497/140‑1 (MQ=255) ttGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGCATGGCAGAACAGCGCATCGCGCCGACAATTTTCAGCAAAAcgtcgcgt > 2:344139/1‑140 (MQ=255) tGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcgtcgcgtc > 1:561348/1‑140 (MQ=255) gccAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcgtcg < 2:63341/132‑1 (MQ=255) gccAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAAcgtcg > 1:63341/1‑132 (MQ=255) aTTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTcc < 2:91338/140‑1 (MQ=255) aaCTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGt > 2:170359/1‑140 (MQ=255) cTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTa < 2:436667/140‑1 (MQ=255) cTTTGTTGTGCTGACGGCTTCGCTGCCGGAAATTAACCGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTa < 1:270840/140‑1 (MQ=255) tttGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTAc < 1:102009/140‑1 (MQ=255) tttGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTAc < 2:480883/140‑1 (MQ=255) tttGTTGTGCTGACTACTTCGCCGTCGGCAATTAACACTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTAc < 1:344139/140‑1 (MQ=255) tgttgtGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACgg > 1:466571/1‑140 (MQ=255) ttgtGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTg < 1:860281/140‑1 (MQ=255) aCTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGtgat < 1:703779/140‑1 (MQ=255) aCTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGAGGTATTCCGTGGGGTACGGTGCTGGtgat > 1:358370/1‑140 (MQ=255) cGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTAcc > 2:529898/1‑140 (MQ=255) cGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTAcc < 1:835764/140‑1 (MQ=255) cGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTAcc > 1:469122/1‑140 (MQ=255) cAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCgg < 1:624245/140‑1 (MQ=255) cAGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCgg < 1:82402/140‑1 (MQ=255) cAGTGATGTATTTGGCGCAGGTTGTATGCTCTACGTTATCGCAGAGCATGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCgg < 2:263160/140‑1 (MQ=255) aGTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTAATCCGTGGGATACTGTGATGGTGATGCCTACCGCGCTGCTGTTTGCGgt > 2:351538/1‑140 (MQ=255) gTGATGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGgtg < 2:442153/140‑1 (MQ=255) aTGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAATACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTAt < 2:469122/140‑1 (MQ=255) aTGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGtt < 1:572077/130‑1 (MQ=255) aTGTATTTGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGtt > 2:572077/1‑130 (MQ=255) tttGGCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTTCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGaa < 1:170359/140‑1 (MQ=255) ggCGTAGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTa > 1:577667/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTCTGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGGATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTa > 2:155363/1‑140 (MQ=255) aGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCgg < 2:741158/122‑1 (MQ=255) aGGTCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCgg > 1:741158/1‑122 (MQ=255) | TCAGGTTGGCACTGCCGGTAGCCCGTTCGTGCTGACGTTCCAGCATATGGGCATTACCTTTGCCGCCAGCATTCTTAACTTTGTTGTGCTGACTGCTTCGCTGTCGGCAATTAACAGTGATGTATTTGGCGTAGGCCGTATGCTCCACGGTATGGCAGAGCAGGGCAGCGCGCCGAAAATTTTCAGCAAAACGTCGCGTCGCGGTATTCCGTGGGTTACGGTGCTGGTGATGACTACCGCGCTGCTGTTTGCGGTGTATCTGAACTA > NC_000913/421768‑422034 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |