| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 503,439 | A→G | intergenic (‑201/+37) | ybaL ← / ← fsr | putative transporter YbaL/fosmidomycin efflux pump |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 503,439 | 0 | A | G | 95.1% | 133.7 / NA | 41 | intergenic (‑201/+37) | ybaL/fsr | putative transporter YbaL/fosmidomycin efflux pump |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (19/20); total (20/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATC > NC_000913/503308‑503574 | aTGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGTAGGCGGTTAAACAGTGGAAAGGCTTTTGGCTCCTGTAAAACGATGCAg > 2:421064/1‑140 (MQ=255)aTGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGCAGGCGGTTTAACAGAGCAAAGGCTTATGGCAACTGTAAAGCGATGCAg > 2:307441/1‑140 (MQ=255) tGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAAGAGAGGAAGGGCGTATGGCGACAGTAAAGCGactgtct > 1:240774/1‑134 (MQ=255) cATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTg < 1:778926/140‑1 (MQ=255) ttGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGcc > 2:447494/1‑140 (MQ=255) gatgTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTgg > 1:517826/1‑140 (MQ=255) atgTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGc < 1:447494/140‑1 (MQ=255) tgTTCATGGATAATTAAAGAATGTTGCAGAAAATTGGAAGTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt < 2:386525/140‑1 (MQ=255) tgTTCATGAATAATTATTGAATGTTGCAGAAAAATGGGATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCt < 1:389589/140‑1 (MQ=255) ttCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGAGGCTGCCAAATTTTGCCTTGGGCTGc > 1:232527/1‑140 (MQ=255) tGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTACAGCAATGCAGCCCAAGTATGCCTTTGGCTGCAATg > 2:308269/1‑140 (MQ=255) taatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGTTCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGTCTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAAt < 1:794347/140‑1 (MQ=255) taatTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAAt < 2:652223/140‑1 (MQ=255) ttttGCAGAAAAATGAAATTAGCTGGAAAGAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATg < 1:303784/140‑1 (MQ=255) tGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGTTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCg > 2:814414/1‑140 (MQ=255) tGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCg > 1:731647/1‑140 (MQ=255) aaaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTAt < 1:511410/140‑1 (MQ=255) aaaaaTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTAt < 1:187936/140‑1 (MQ=255) aaaTGGAATTAGCTGAAAAAAACGCCCGGTTCGGAAACCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATca < 1:421064/140‑1 (MQ=255) aaaTGGAATGAGCTGTAAAAAATGCGCGGAACGGAAACCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATca < 1:365656/140‑1 (MQ=255) aTGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATcagg < 2:731647/140‑1 (MQ=255) tGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATcaggc > 2:71009/1‑140 (MQ=255) ttAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAACCAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCACTGACATCAGTCTCTATGCCGGTTATCAGGCAGGaa > 2:365656/1‑140 (MQ=255) tAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAAAAGCCGGCTTAACAGATGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAat < 2:225246/140‑1 (MQ=255) aGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAata > 2:31249/1‑140 (MQ=255) tGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATgg > 2:674662/1‑140 (MQ=255) aaaaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCa < 1:803369/140‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCa < 2:517826/140‑1 (MQ=255) aaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAAc < 2:708279/140‑1 (MQ=255) aaaaaGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAAc < 1:525858/140‑1 (MQ=255) gATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATa < 1:674662/140‑1 (MQ=255) aGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGaaa > 2:656149/1‑140 (MQ=255) ggCGGTTTAACAGAGGACAGGCCTATTGCGACTGTTAAGCGATGCAGCAAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGcac < 2:232527/140‑1 (MQ=255) agGAAAGGCTTATGGGGACTGTAAAACGAGGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGAc < 1:353762/140‑1 (MQ=255) agGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAGCATACCCGATAGTGGCGGGAAAGCACAGATTTTATAGAc > 2:353762/1‑140 (MQ=255) gAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTa > 2:192782/1‑140 (MQ=255) gAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTa > 1:528546/1‑140 (MQ=255) aGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACt > 1:642864/1‑140 (MQ=255) aGGCTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACt < 1:31249/140‑1 (MQ=255) cTTATGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGa < 2:528546/140‑1 (MQ=255) tGGCGACTGTAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCt > 1:192751/1‑140 (MQ=255) tAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATc > 2:482397/1‑140 (MQ=255) tAAAGCGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATc > 2:789804/1‑140 (MQ=255) | ATGACAATTTCATTGATGATGTTCATGAATAATTATTGAATTTTGCAGAAAAATGGAATTAGCTGCAAAAAAAGCACGGATCGGAAAACAGAAGGCGGTTTAACAGAGGAAAGGCTTATGGCGACTGTAAAACGATGCAGCCAAAGTTTGCCTTTGGCTGCAATGAAATCAGTCTTTATGCCGGTTATCAGGCAGGAATATGGTCAACATCCCCAATAGTGGCAGGAAAGCACAGATTTTATAGACTAACTCGATGCTGGTGTGATC > NC_000913/503308‑503574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |