Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,818,550 | (C)7→9 | intergenic (‑50/+55) | chbF ← / ← chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/DNA‑binding transcriptional dual regulator ChbR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,818,543 | 1 | . | C | 93.8% | 216.3 / 5.8 | 64 | intergenic (‑43/+62) | chbF/chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/DNA‑binding transcriptional dual regulator ChbR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (31/29); total (34/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.16e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 | |||||||||||
* | NC_000913 | 1,818,543 | 2 | . | C | 89.1% | 208.5 / 16.3 | 64 | intergenic (‑43/+62) | chbF/chbR | monoacetylchitobiose‑6‑phosphate hydrolase/DNA‑binding transcriptional dual regulator ChbR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/2); new base C (29/28); total (34/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.09e-01 |
GGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACG > NC_000913/1818406‑1818672 || ggCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c < 1:1707583/140‑1 (MQ=255) ggCAATTCGTAATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c < 2:1305485/140‑1 (MQ=255) gCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑c < 1:479950/140‑1 (MQ=255) tCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cc < 1:398768/140‑2 (MQ=255) cGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c < 1:481391/133‑1 (MQ=255) cGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c > 2:481391/1‑133 (MQ=255) gggATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccg < 2:1324362/138‑4 (MQ=255) gTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccg < 1:128348/140‑4 (MQ=255) aTAACGCTTAATAAATCCTTCCGGTCACGTCGGGGTAAAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccggac < 1:629738/140‑7 (MQ=255) aTAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccggac < 2:283122/140‑7 (MQ=255) aTAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccggac < 1:1500918/140‑7 (MQ=255) aaCGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACata > 2:408345/1‑140 (MQ=255) ttAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATGCTGCTATCTGGCATATCTG‑‑‑CCAC‑CCC‑‑C‑‑CGGGCataaata > 2:849648/1‑140 (MQ=255) aataaATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAaataat > 2:88478/1‑140 (MQ=255) taaATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATcc < 1:258118/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGc < 1:88478/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGc < 2:1380402/140‑1 (MQ=255) ccTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCaa < 2:1581511/140‑1 (MQ=255) cTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccggac < 1:1409842/123‑7 (MQ=255) cTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑c‑‑c‑ccc‑‑c‑‑cccggac > 2:1409842/1‑117 (MQ=255) ttCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACa < 1:151002/140‑1 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATcc < 2:270784/132‑1 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATcc > 1:1499233/1‑132 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATcc > 1:270784/1‑132 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAg > 1:120658/1‑140 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑C‑‑CACCCA‑C‑‑CTGACATAAATAATCCAGCAACAg > 1:918043/1‑140 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑C‑‑C‑CCCCAC‑‑CAGACATAAATAATCCAGCAACAg > 1:739248/1‑140 (MQ=255) tCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTCCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATcc < 2:1499233/132‑1 (MQ=255) ccAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAgg > 2:1281361/1‑140 (MQ=255) cAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCAGCAATAGTCACGACTTTAAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 2:681131/140‑1 (MQ=255) cAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCGATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 2:317884/140‑1 (MQ=255) aGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGAc < 2:1481681/140‑1 (MQ=255) gTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACa < 1:1281361/140‑1 (MQ=255) cTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGata > 2:976107/1‑140 (MQ=255) tCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGatat > 2:1565891/1‑140 (MQ=255) ggggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa < 2:122914/130‑1 (MQ=255) ggggTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGa > 1:122914/1‑130 (MQ=255) gggTATAGCTGCTCCCGGCACCCATAGTGACTACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGa < 2:777042/140‑1 (MQ=255) taGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGt < 1:976107/140‑1 (MQ=255) cccGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGtata > 1:944282/1‑140 (MQ=255) cGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAAc > 1:1347177/1‑140 (MQ=255) gCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGt > 2:207120/1‑129 (MQ=255) gCCACCAATAGTCACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGt < 1:207120/129‑1 (MQ=255) accaATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACt > 1:1616944/1‑140 (MQ=255) aaTAGTGACGACTTTTCCTTTCTGGCTCATAATCTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTAc < 2:918043/140‑1 (MQ=255) aTAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACt > 2:1262780/1‑140 (MQ=255) gTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGAt < 1:1330543/140‑1 (MQ=255) cTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTc < 2:1616944/140‑1 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt > 1:1233860/1‑140 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt > 2:1661878/1‑140 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt < 1:1262780/140‑1 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCt > 2:1763906/1‑140 (MQ=255) tGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATTTGAATTGTTAGGTATACCGACTTACTGATTTAATTCAGTCAATTTCtt > 2:607992/1‑140 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 2:944282/140‑1 (MQ=255) cATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCAGGCCTATCTG‑‑‑CCAC‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGa < 2:739248/140‑1 (MQ=255) aTAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGAt < 1:1565891/140‑1 (MQ=255) tAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATa < 1:1112811/140‑1 (MQ=255) aaTTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAg < 2:1233860/140‑1 (MQ=255) tctcCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGctct < 1:1661878/140‑1 (MQ=255) ccTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAgg > 1:1740390/1‑140 (MQ=255) cAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGC‑‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTaa < 1:408345/140‑1 (MQ=255) aGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGACAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTaa > 1:733815/1‑140 (MQ=255) aGTACAGAATACTGACATCTGGCATCTCTG‑‑‑C‑‑C‑CCC‑‑CCTCGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTaa < 1:886682/140‑1 (MQ=255) tACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCtt < 2:1060947/130‑1 (MQ=255) tACAGAATACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCtt > 1:1060947/1‑130 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTTATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGAAAGCTTCTAGGCGTAAAGGACGt > 2:886682/1‑140 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTTTTATGAGAGCTCTAAGGCGTAAAGGACGt > 1:851415/1‑140 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGt > 1:50494/1‑140 (MQ=255) aaTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGt > 2:972677/1‑140 (MQ=255) aTACTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGtt < 1:1240052/140‑1 (MQ=255) cTGATATCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAAt < 1:233538/140‑1 (MQ=255) atatCTGGCATATCTGCCCC‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATATCTTACGATAGGTCATAGGCGTAAAGGACGTTAAttt > 1:521839/1‑140 (MQ=255) atatCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTc > 1:22889/1‑140 (MQ=255) tCTGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTGACGATAGATCTTAGGCGTAAATGACGTTAATTTCTTa > 1:853797/1‑140 (MQ=255) tGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTa > 2:1807075/1‑130 (MQ=255) tGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTa < 1:1807075/130‑1 (MQ=255) tGGCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTaaa > 2:1601813/1‑140 (MQ=255) gCATATCTGCC‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACg > 1:1062008/1‑140 (MQ=255) || GGCAATTCGTGATAACGCTTAATAAATCCTTCCAGTAACTCCGGGGTATAGCTGCTCCCGCCACCAATAGTGACGACTTTTAATTTCTGGCTCATAATTTCTCCCTTCAGTACAGAATACTGATATCTGGCATATCTG‑‑‑C‑‑C‑CCC‑‑C‑‑CGGACATAAATAATCCAGCAACAGGACAGATATGTGAATTGTCAGGTATAACGACTTACTGATTAAATTCAGTCAATTTCTTACGATAGCTCTTAGGCGTAAAGGACGTTAATTTCTTAAACG > NC_000913/1818406‑1818672 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |