| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,471,380 | T→C | intergenic (‑51/+20) | tufA ← / ← fusA | translation elongation factor Tu 1/elongation factor G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,471,380 | 0 | T | C | 97.7% | 295.9 / ‑2.5 | 87 | intergenic (‑51/+20) | tufA/fusA | translation elongation factor Tu 1/elongation factor G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base C (45/39); total (46/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
TCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CTTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAGCAACGTTACTCGGCGCTTCATCATACTTCAGGAATTCCATAGTGTATGATGCACGACCTTTGGTCAGAGAACGCAGCTGA > NC_000913/3471245‑3471511 | tCAGAGTAGTTTTACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTgg > 2:1478298/1‑140 (MQ=255) ttttACCGTGGTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAAccc > 1:345507/1‑140 (MQ=255) tttACCGTGGTCAACGTGGCCGTTAGTACCAGCGTGAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCt < 2:703543/140‑1 (MQ=255) ccGTGGTCAGCGTGGGCGATAGGACTAACGTTGACGTTCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAgg < 1:735000/140‑1 (MQ=38) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTAtt > 2:1398573/1‑125 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTAtt < 1:1398573/125‑1 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAg > 1:1699972/1‑134 (MQ=255) gTCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAg < 2:1699972/134‑1 (MQ=255) tCAACGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTAtt < 2:441702/140‑1 (MQ=255) cGTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCATCAGGAGAAAGCACGGGA‑CCTTGGTGTTAAGCCTTAGGCTTATTTAcc > 2:735000/1‑140 (MQ=37) gTGGCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCa < 2:1056763/140‑1 (MQ=255) ggCCGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACg < 2:1280285/140‑1 (MQ=255) ccGATAGTACCAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACggg > 2:1567928/1‑140 (MQ=255) ccAACGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTa > 2:1274285/1‑140 (MQ=255) aCGTTAACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACgg > 2:25960/1‑140 (MQ=255) cGTTGACGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGc < 2:1148671/140‑1 (MQ=255) aaCGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGa > 1:1466246/1‑140 (MQ=255) aaCGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGa > 1:1188679/1‑140 (MQ=255) aaCGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGa > 1:1881417/1‑140 (MQ=255) aCGTGCGGTTTTGTACGTTCAATTTATTCCTTAGACATGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAg < 1:555647/140‑1 (MQ=255) aCGTGCGGTTTTGTACGTTCAAATTTTTCTTTAGACACGGCTATATTCCTTACTATAGTGCTCTCCCCTTCAGGAGAGAGCACGGGA‑CCTTGGTATTAACCCTTAGGCTTATTTACCACGGGCTTCAATTACGGCCTGAg < 2:395482/140‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |