| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 626,907 | C→T | P280S (CCA→TCA) | entE → | 2,3‑dihydroxybenzoate‑AMP ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 626,907 | 0 | C | T | 98.9% | 306.7 / NA | 90 | P280S (CCA→TCA) | entE | 2,3‑dihydroxybenzoate‑AMP ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (50/39); minor base G (1/0); total (51/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGG > NC_000913/626774‑627043 | cTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCg < 1:1670547/140‑1 (MQ=255)cTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCg < 2:457987/140‑1 (MQ=255) cGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAg > 2:432302/1‑140 (MQ=255) cGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAg > 1:1279397/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) tGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGc > 1:1137782/1‑140 (MQ=255) tGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCACTGGTGTCACCCGCAGTCAGc > 2:168450/1‑140 (MQ=255) tGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTCACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGc > 2:1371671/1‑140 (MQ=255) tGAGTACGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGc > 2:1427205/1‑140 (MQ=255) tGAGTACGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGc < 1:1427205/140‑1 (MQ=255) gAGTTCGCCAGGATCGCGGGGCCTCTTTCTTGCCGCAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGcc < 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cTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCt > 2:237370/1‑140 (MQ=255) cTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTAGTGGTACCCGCAATCAGGGTGTGGTTGCAGGCGCt > 2:876403/1‑140 (MQ=255) cGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCg > 1:247471/1‑140 (MQ=255) ttcttGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGc < 1:1531253/140‑1 (MQ=255) ttcttGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCACTGGTGTCGCCCTCAGTCAGCCTGTAGTTGGAGGCGCTGATCGAAGGc > 2:487573/1‑140 (MQ=255) cttGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGa < 2:1879279/140‑1 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> 1:1411177/1‑140 (MQ=255) tCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGTAGGAGCTGATCGAAGGGGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCt > 2:699885/1‑140 (MQ=255) tGGCGGCCGATCCCATCGCCACTCTTTGTCTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTAAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCg < 1:642066/140‑1 (MQ=255) gcggcCGATCCCAGCGCGACGCCCTGTTTCCCATTCATTTAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCt < 2:549092/140‑1 (MQ=255) gcggcCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGCGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCt < 2:1845056/140‑1 (MQ=255) ggcCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGa < 1:183887/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTgcgg > 2:50839/1‑140 (MQ=255) cAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTgcggc > 1:273346/1‑140 (MQ=255) ggTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGgcgc > 1:1843375/1‑140 (MQ=255) ggTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGgcgc > 1:1361589/1‑140 (MQ=255) gTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGcgcg > 1:1213211/1‑140 (MQ=255) gTTAACGTTACCGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGCTCGGCGGAGCATGTTTTTCTGCCACCCTTGCGGcgcg > 1:820199/1‑140 (MQ=255) gTTAACGTTACCGCGCTCGTGTCACCCGCAGGCAGCCTGGGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGcgcg < 2:794281/140‑1 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCt > 1:325220/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCt > 1:1808637/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCt > 2:1208010/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCt < 2:1843375/140‑1 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCt > 2:130643/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGAACGTCTTTCTGACACCCTTGCAGCGCGTATTCCCGCt > 1:794281/1‑140 (MQ=255) ccGCGCTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAAGTCGGCGGCGCAAGTCTTTCTGCCAACCTTCCGGCGCGTATTCCCGCt > 2:670734/1‑140 (MQ=255) cgcTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTgag > 2:1576661/1‑140 (MQ=255) cTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGAt < 2:1145487/140‑1 (MQ=255) cTGGTGTCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGAt > 2:1657544/1‑140 (MQ=255) gtgtCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTgg < 2:1245522/140‑1 (MQ=255) gtgtCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTgg < 1:374110/140‑1 (MQ=255) | CTACGCCATGAGTTCGCCAGGATCGCTGGGCGTCTTTCTTGCCGGAGGAACGGTTGTTCTGGCGGCCGATCCCAGCGCCACGCTCTGTTTCCCATTGATTGAAAAACATCAGGTTAACGTTACCGCGCTGGTGCCACCCGCAGTCAGCCTGTGGTTGCAGGCGCTGATCGAAGGCGAAAGCCGGGCGCAGCTTGCCTCGCTGAAACTGTTACAGGTCGGCGGCGCACGTCTTTCTGCCACCCTTGCGGCGCGTATTCCCGCTGAGATTGG > NC_000913/626774‑627043 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |