| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,240,754 | (C)5→4 | coding (915/1041 nt) | galS ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator GalS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,240,750 | 0 | C | . | 98.2% | 228.4 / ‑3.0 | 56 | coding (919/1041 nt) | galS | DNA‑binding transcriptional dual regulator GalS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (28/27); minor base A (1/0); total (29/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCG > NC_000913/2240611‑2240884 | tcacAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCtgctgc < 2:555897/140‑1 (MQ=255) cacaGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcc < 1:698034/140‑1 (MQ=255) aTTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcccctgc < 2:615439/140‑4 (MQ=255) aTTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGcccctgc > 1:484060/1‑137 (MQ=255) tGAAAGCAGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑GCCCTGCaa > 2:396145/1‑140 (MQ=255) cGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAg > 2:117917/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGtt > 1:657033/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGtt > 2:490425/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGtt > 2:422823/1‑140 (MQ=255) gTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACACTGGCTGGCCCGAGGATTAATATTGCCTGCT‑ACCCCTGCAAGGCCAGtt > 2:255876/1‑140 (MQ=255) tACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCg < 2:421002/140‑1 (MQ=255) ccTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTa > 2:240805/1‑140 (MQ=255) cTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTaa > 2:645734/1‑140 (MQ=255) tGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAt > 1:547485/1‑140 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGATGATCAATATTGCGTGCCG‑CCCCTGCAAGGCTAGTTCGGTGGCTAAttt > 2:305436/1‑140 (MQ=255) aTTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAttt < 1:645734/140‑1 (MQ=255) ttgAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCa > 2:17695/1‑140 (MQ=255) ttgAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCa > 2:49265/1‑140 (MQ=255) gAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCAtt > 1:736901/1‑140 (MQ=255) gTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGa < 1:490425/140‑1 (MQ=255) gTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCa < 1:647681/140‑1 (MQ=255) tGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCaa < 1:147852/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATggg > 2:671324/1‑140 (MQ=255) gccgccaaATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAACCAGTGGTTGGCACGCGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGa < 2:453868/140‑1 (MQ=255) ccgccgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGAt > 1:736634/1‑140 (MQ=255) cgcATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTTCAAGGCCAATTCAGAGACTAATTTCTCCATATAAGCAATGGGATAACg > 2:331029/1‑140 (MQ=255) ttGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAtt < 1:17695/140‑1 (MQ=255) ttGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAAtt > 2:51228/1‑140 (MQ=255) tGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTg < 1:97897/140‑1 (MQ=255) cGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCg > 1:37988/1‑140 (MQ=255) aCAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCggg < 1:597153/140‑1 (MQ=255) aCAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCggg > 1:403945/1‑140 (MQ=255) gAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCg < 1:32620/140‑1 (MQ=255) gAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCg > 2:471763/1‑140 (MQ=255) gAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCg < 1:240805/140‑1 (MQ=255) aaTGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTAAAGTAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCgg > 2:272253/1‑140 (MQ=255) cGACGCACTAACGTCGGCATAATACAGTGACTGGCACAAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTaa < 1:331029/140‑1 (MQ=255) cGACGCACTAACGTCGGCATAAAACGGTGTCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTaa < 1:317864/140‑1 (MQ=255) cACTAACGTCGGCATCAAACAGTGGATGGTACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGc < 1:305436/140‑1 (MQ=255) cACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGc > 1:651552/1‑140 (MQ=255) aCTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGTCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCg < 1:736147/140‑1 (MQ=255) aCTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCg < 2:403945/140‑1 (MQ=255) cTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGa < 2:31144/140‑1 (MQ=255) gaaCGTCGGCATAAAACGGTGGTTGGCACGAAGATGAATTTTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGAt < 2:298195/139‑1 (MQ=255) aaCGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATg > 2:615983/1‑140 (MQ=255) gTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGa < 1:587878/140‑1 (MQ=255) aaaaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGTTCGGTGTAACGGGTGATGGGAATatcatc > 1:298195/1‑140 (MQ=255) aaaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCg < 1:471763/140‑1 (MQ=255) aaCAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGa > 2:407565/1‑140 (MQ=255) tggctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCg < 1:51228/140‑1 (MQ=255) ggctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCga < 1:558591/140‑1 (MQ=255) ggctggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCga < 1:117917/140‑1 (MQ=255) tggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAATGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatga < 1:650536/140‑1 (MQ=255) ggcACGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCgatgat > 2:494657/1‑140 (MQ=255) cGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgag < 1:49265/140‑1 (MQ=255) cGAGGATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgag < 2:547485/140‑1 (MQ=255) ggATCAATATTGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTgagaga < 2:651552/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGaa > 2:420114/1‑140 (MQ=255) gCCTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAAATTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAAt > 2:447134/1‑140 (MQ=255) ccTGCTG‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATc > 2:86670/1‑140 (MQ=255) ctgctg‑CCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCg > 2:178851/1‑140 (MQ=255) | TCACAGATTGAAAGCGGTTACATCGCCTGATTTGTTGAGTTAGTGATCGCCGCCGCATTCTGGCGTGTTGCGACAGAATGGCGACGCACTAACGTCGGCATAAAACAGTGGCTGGCACGAGGATCAATATTGCCTGCTGCCCCCTGCAAGGCCAGTTCGGTGGCTAATTTCGCCATTGAAGCAATGGGATAACGCACGGTCGTTAATTGCGGGTCGGTGTAACGGGCGATGGGAATATCATCGAAACCGATGATTGAGAGATGTAACGGAATCG > NC_000913/2240611‑2240884 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |