| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,712,518 | (C)6→7 | intergenic (+360/‑251) | nth → / → dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,712,512 | 1 | . | C | 92.7% | 178.7 / 6.2 | 55 | intergenic (+354/‑257) | nth/dtpA | endonuclease III/dipeptide/tripeptide:H(+) symporter DtpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base C (29/22); total (31/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑CCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGA > NC_000913/1712376‑1712645 | aTCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑ccc > 1:682468/1‑140 (MQ=255) gTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑ccccc‑cct > 1:544855/1‑138 (MQ=255) aaaaTCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAAAAGCTGAACATATCGCCCTTAATCCA‑T‑CA‑ccccc‑cctctc > 2:251781/1‑135 (MQ=255) aaTCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCCGAACATACCGCAGTGAAGCCA‑G‑CACCCCCC‑CTCTc‑ag > 1:250905/1‑140 (MQ=255) 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> 2:506437/1‑140 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGAAGTGAAGAAATCTGCCGTTACGTTTTTTg > 1:261403/1‑140 (MQ=255) gACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑CCCCCACTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTAAGTTTTTTg > 2:334368/1‑140 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGaaa > 1:106494/1‑140 (MQ=255) cTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGAGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGaaa > 1:246744/1‑140 (MQ=255) cAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAAt > 1:498367/1‑140 (MQ=255) 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2:246744/140‑1 (MQ=255) tACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg > 2:386601/1‑138 (MQ=255) tACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACg < 1:386601/138‑1 (MQ=255) tACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCt > 1:658112/1‑140 (MQ=255) cacTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTgg > 1:682894/1‑140 (MQ=255) cacTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTgg > 2:541929/1‑140 (MQ=255) 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1:541929/140‑1 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 1:53619/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 2:719016/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAAc > 2:95066/1‑140 (MQ=255) gAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGaa < 2:658112/140‑1 (MQ=255) gAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGaa < 1:95066/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGcc > 2:493678/1‑140 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAATTAGCAAGACATATGGCCGTTATGCCA‑TCCC‑CCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:334368/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATTTCGCCGTTAGCCCA‑T‑CC‑CCCCC‑CCCCCAAGTGCAGTAAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCGGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 2:544855/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGc > 2:36680/1‑138 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGc < 1:36680/138‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 1:21655/140‑1 (MQ=255) tAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCt < 2:53619/140‑1 (MQ=255) gTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCa > 2:118517/1‑140 (MQ=255) aaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAAGGGTTGAATTCCCCGCCTCAGtt < 2:91220/140‑1 (MQ=255) aaaaCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGACAACATTTCCCGTAACGGTTGAGTTCCCCGCCTCAGtt > 1:344271/1‑140 (MQ=255) aCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTtata > 1:73445/1‑140 (MQ=255) aCGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTtata < 1:118517/140‑1 (MQ=255) aCGCTAAATAGCAAAACATAGCTCCTTTAAGCCACC‑CC‑CCCCC‑CTCCC‑AGGGCGGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCGGGATAACATTTCCGGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTtata < 2:502221/140‑1 (MQ=255) aaaTAGCAGAACATATCGCCGTTAGGCCA‑TCCC‑CCCCC‑CTCTA‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCATTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTaa < 1:389219/140‑1 (MQ=255) aGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGCATGCTTGCATTCCCCGTCTCAGTTATATGTAACAGatta > 2:289848/1‑140 (MQ=255) cATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTAc > 2:89221/1‑140 (MQ=255) atatCGCCGTTAAGCCA‑G‑CACCCCCC‑CTCTC‑CGTGCAGTCAAAAAATCCGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACa < 2:209000/140‑1 (MQ=255) atCGCCGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGATTTCCCCGCCTCCGTTATATGTGACAGATTATTACaaa > 1:298328/1‑140 (MQ=255) cGTTAAGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCGCGCCTCAGTTATATGTAACAGGTTATTACAAAGGACt > 1:209000/1‑140 (MQ=255) aaGCCA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTc > 2:575958/1‑140 (MQ=255) aGCCA‑T‑CCCCCCCC‑CTCTA‑AGTCCAATGAAAAAATCTTCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCt < 1:251781/140‑1 (MQ=255) ccA‑T‑CACCCCCC‑CTCTC‑AGTGCGGTAAAAAAATCTGCAGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGa < 1:289848/140‑1 (MQ=255) | ATCAGGTTAAAATCATTTAAATTTACACACGCAACAAATATTGACCTACAAAACATTACACTGGCTATTTTTCAGAAACTGGACTATCTCACTAGTAAAAACGCTAAATAGCAGAACATATCGCCGTTAAGCCA‑T‑CA‑CCCCC‑CTCTC‑AGTGCAGTGAAAAAATCTGCCGTTACGTTTTTTGAAAAATTTAACGCTGGATAACATTTCCCGGAATGGTTGAATTCCCCGCCTCAGTTATATGTAACAGATTATTACAAAGGACTTGTCTGA > NC_000913/1712376‑1712645 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |