| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→8 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 96.0% | 168.5 / ‑0.6 | 50 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (19/29); total (20/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
TCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGA > NC_000913/2601871‑2602137 | tCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCGGCGGAATTACGCGATTACATGCTGGTGTAAATTTAGTCGCCCGTTTTg > 2:272061/1‑140 (MQ=255) gCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAAATACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑cccc > 2:703078/1‑140 (MQ=255) cTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑ccccc < 1:545488/140‑1 (MQ=255) tGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑CCCCC‑CCcttt > 1:686234/1‑140 (MQ=255) tCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGc < 1:426987/140‑1 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 2:574607/1‑140 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTg > 1:404954/1‑140 (MQ=255) cTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGc > 1:512056/1‑140 (MQ=255) tGGCTATTGAGCTTTCCGGCATTACATCGCTGGTGTGCGCCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCg < 2:352719/140‑1 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAt > 1:553878/1‑140 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAAt > 1:480160/1‑140 (MQ=255) aGCTTTCCGGCATCACATCGCTTGTGGGCAGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAg < 1:272061/140‑1 (MQ=255) ccGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 2:546734/140‑1 (MQ=255) gCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGc < 1:482223/140‑1 (MQ=255) acaTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTa < 1:185871/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg > 2:596128/1‑139 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 1:596128/139‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGc < 1:501841/140‑1 (MQ=255) tggtggGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt > 2:384175/1‑140 (MQ=255) tggtggGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTAAACGCTGGGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCt > 2:287482/1‑140 (MQ=255) gtggGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTgg > 1:431928/1‑140 (MQ=255) gggCGGCGTGATTGGCATCATCCGCGGAATTCCGCAATTGCATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt < 2:303599/140‑1 (MQ=255) gcggcgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 2:512056/140‑1 (MQ=255) gcggcgTGATTGGCAGCATCAGTGGTATTACGCAATTGCATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 1:344390/140‑1 (MQ=255) cgTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTcc > 2:113266/1‑140 (MQ=255) catcatCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 2:404954/140‑1 (MQ=255) catcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtg > 2:430902/1‑140 (MQ=255) atcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCAGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtggtgg > 1:250443/1‑140 (MQ=255) tcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGATGGTTATCTACTTGCTggtggtggt > 1:309520/1‑140 (MQ=255) gCGGAATTACGCAATGACATGCTGGTGTATCTTTAGTTGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTg < 1:240901/140‑1 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:686234/140‑1 (MQ=255) cGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGCCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt > 1:46563/1‑140 (MQ=255) ggAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGtt < 1:633086/140‑1 (MQ=255) gAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 1:430902/140‑1 (MQ=255) aaTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct < 1:113266/140‑1 (MQ=255) aTTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctc < 1:574607/140‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctct < 2:39675/140‑1 (MQ=255) caTTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTc < 1:488926/139‑1 (MQ=255) aaTTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTc < 1:384175/140‑1 (MQ=255) aaTTACATGCTGGTGCAACTTTTGTGGCCAGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTc < 1:287482/140‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt > 2:365586/1‑123 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTggtggtggt < 1:365586/123‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 2:480160/140‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 2:553878/140‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACGTTAGACGCCCGTTATG‑‑CCCCCACCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 2:250443/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTACTGGTGGAGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTtata > 1:353505/1‑140 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat > 2:154142/1‑140 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 2:588633/140‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 1:154142/140‑1 (MQ=255) ttAGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAAt > 2:366268/1‑140 (MQ=255) aGTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 1:703078/140‑1 (MQ=255) gTCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACg > 2:122679/1‑140 (MQ=255) tCGCCCGTTTTGC‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGa < 1:122679/140‑1 (MQ=255) | TCTGGCTTCGCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑‑CCCCC‑CCTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATACGA > NC_000913/2601871‑2602137 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |