| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 78,721 | (G)5→7 | coding (1101/1179 nt) | setA → | sugar exporter SetA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 78,716 | 1 | . | G | 91.3% | 151.6 / 6.5 | 46 | coding (1096/1179 nt) | setA | sugar exporter SetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/2); new base G (21/21); total (23/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 78,716 | 2 | . | G | 89.1% | 145.9 / 9.8 | 46 | coding (1096/1179 nt) | setA | sugar exporter SetA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/2); new base G (20/21); total (23/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑GG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGCCCGGTCATTTGACCGGGC > NC_000913/78577‑78840 || cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGtt > 2:157483/1‑140 (MQ=255)cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGtt > 2:452576/1‑140 (MQ=255)cATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATCGCACAAAGtt > 1:484247/1‑140 (MQ=255) ttgttgAGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑gg > 1:82241/1‑140 (MQ=255) gttgCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑gg‑‑gg > 1:645723/1‑140 (MQ=255) gTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑gg‑‑gggggcact < 2:611873/140‑7 (MQ=255) gTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑gg‑‑gggggcact < 1:443481/140‑7 (MQ=255) gggATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCt < 1:728866/140‑1 (MQ=255) gggATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTACACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCt < 1:407445/140‑1 (MQ=255) gggATGCTATGGTTTCAAGATTAAATGCCTGTAAGAGCGAGGGCAGCTCCCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑GGGTGGGCACTTTGCt < 2:198132/140‑1 (MQ=255) gATGCTATGGTTTCAGGTTTTACTGCCTGGAAGAGCGGGAGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGt < 2:246154/140‑1 (MQ=255) gATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCTCAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGt < 2:497399/140‑1 (MQ=255) gCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTa < 2:184751/140‑1 (MQ=255) gCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTa < 1:99526/140‑1 (MQ=255) gCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTa < 1:16633/140‑1 (MQ=255) cTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTa > 1:504736/1‑139 (MQ=255) cTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTa < 2:504736/139‑1 (MQ=255) cTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAACAATTGCGCAAGGTG‑‑GGGTGGGCACTTTGCTGTCTAc > 1:198132/1‑140 (MQ=255) ggTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGTGTTATTCAGGGAGCAATTCCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGCCTACTggg > 2:346838/1‑140 (MQ=255) cAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAAtt < 2:645723/140‑1 (MQ=255) gATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCg < 1:533685/140‑1 (MQ=255) ggAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgtt > 2:389303/1‑140 (MQ=255) gAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgttg > 1:572258/1‑140 (MQ=255) aaGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATCGCACAAAGTT‑‑GGGTGGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgttgt < 2:484247/140‑1 (MQ=255) gCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCa < 1:389303/140‑1 (MQ=255) cGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgttgt < 2:711931/135‑1 (MQ=255) cGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCtgttgt > 1:711931/1‑135 (MQ=255) gggCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTG‑GG‑‑GGGCACTTTGCTGTCGACTGGGTGATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCattatt > 1:317661/1‑140 (MQ=255) accTTATTTACTAACTGTATTTTTATCGGCGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTACTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCa < 1:305974/140‑1 (MQ=255) accTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCa < 2:395105/140‑1 (MQ=255) aaCAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGAc > 1:185852/1‑140 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCa < 1:375712/124‑1 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCa > 2:375712/1‑124 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGttt > 2:185169/1‑140 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGttt > 1:733347/1‑140 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGttt > 2:156262/1‑140 (MQ=255) gTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGGTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGttt > 1:31793/1‑140 (MQ=255) tATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTtg < 1:88495/140‑1 (MQ=255) tttCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTtgat > 2:586144/1‑140 (MQ=255) ccGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTg > 1:623497/1‑140 (MQ=255) ccGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTg > 1:668083/1‑140 (MQ=255) ggggTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGa > 1:619564/1‑140 (MQ=255) ggggTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGa > 2:624286/1‑140 (MQ=255) ggggTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGa < 1:185169/140‑1 (MQ=255) gTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑GG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATa > 1:415753/1‑140 (MQ=255) tAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGAt < 2:72229/140‑1 (MQ=255) aaTTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATa < 1:157483/140‑1 (MQ=255) tggcGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGc < 1:624286/140‑1 (MQ=255) cGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATa > 2:410903/1‑128 (MQ=255) cGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATa < 1:410903/128‑1 (MQ=255) ggAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGCCCGGTCATTTGAc > 2:129230/1‑140 (MQ=255) ggAGCAATTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGCCCGGTCATTTGAc > 1:152326/1‑140 (MQ=255) aaTTGCACAAAGTTGGGG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGCCCGGTCATTTGACCGGGc > 2:486379/1‑140 (MQ=255) || CATTGTTGCGGGTATTGGGATGCTATGGTTTCAGGATTTAATGCCTGGAAGAGCGGGGGCAGCTACCACCTTATTTACTAACAGTATTTCTACCGGGGTAATTCTGGCTGGCGTTATTCAGGGAGCAATTGCACAAAGTT‑‑GG‑‑GGGCACTTTGCTGTCTACTGGGTAATTGCGGTTATTTCTGTTGTCGCATTATTTTTAACCGCAAAGGTTAAAGACGTTTGATGACGTGGACGATAGCGGAAAGCCCGGTCATTTGACCGGGC > NC_000913/78577‑78840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |