| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 845,350 | (T)8→9 | coding (131/2226 nt) | ybiO ← | moderate conductance mechanosensitive channel |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 845,342 | 1 | . | T | 97.8% | 145.3 / NA | 46 | A47T (GCG→ACG) | ybiO | moderate conductance mechanosensitive channel |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); major base T (25/19); minor base A (1/0); total (26/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
TCTTCGACCAGCGTCGGCGGCACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGC‑‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCA > NC_000913/845206‑845474 | tctTCGACCAGCGTCGGCGGCACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGC‑‑ttt > 1:461975/1‑140 (MQ=255) ccAGCGTCGGCGGCACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGC‑‑tttttttttg > 1:572585/1‑138 (MQ=255) gCGTCGGCGGCACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCAATAGGCGGC‑‑tttttttttgttc > 1:317612/1‑135 (MQ=255) cACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCAGCA‑TTTTTTATGTTCGATATCCGGt > 1:288411/1‑140 (MQ=255) tttGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTcc > 2:632421/1‑136 (MQ=255) tttGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTcc < 1:632421/136‑1 (MQ=255) cccGGTTCAGCAGGGGTAGTAGTGGCAACGGTGAGCAACTGGTCGATCTACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGtt < 2:317612/139‑1 (MQ=255) aCCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGtt > 2:634729/1‑140 (MQ=255) aCCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGtt > 2:547287/1‑140 (MQ=255) gTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGC‑‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTc < 2:571287/140‑1 (MQ=255) ggggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTc < 1:401104/140‑1 (MQ=255) ggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcg > 1:182668/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcg > 2:117605/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcg > 1:725837/1‑140 (MQ=255) ggCGTAGCGGCAACGGTCCGCACCTGGTCGATCAATTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcg < 2:303765/140‑1 (MQ=255) tAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCACCTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgt < 2:362459/140‑1 (MQ=255) gCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcg < 2:182668/140‑1 (MQ=255) ggCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCcgttgtcgt > 1:586955/1‑140 (MQ=255) gTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTg < 1:547287/140‑1 (MQ=255) cTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCg < 1:117605/140‑1 (MQ=255) cTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCg > 2:524759/1‑140 (MQ=255) tGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCgg > 1:710425/1‑140 (MQ=255) gTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCCGTCATTGGGTCCGTTGTCGTTTTGGTTGTAACGCCGGGt > 2:282513/1‑140 (MQ=255) gTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGt < 1:524759/140‑1 (MQ=255) gTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGCCGTTGAGACCGCTGGCGTTGTCGTTGTAACGCCGGGt > 1:302562/1‑140 (MQ=255) cGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCTTTTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTa < 2:586955/140‑1 (MQ=255) ctTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACAACCGCCAGAGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACcgc < 1:276666/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cacaTCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAgcaggcag > 1:525480/1‑140 (MQ=255) acaTCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGCTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCaga > 2:626452/1‑140 (MQ=255) aTCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCagaag > 1:69743/1‑140 (MQ=255) ccGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAagag > 2:562733/1‑140 (MQ=255) ccGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAagag > 1:67759/1‑140 (MQ=255) cGCCAGTGCGCCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAgg < 2:525480/140‑1 (MQ=255) gcgcCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTCTGGATACCGCGTAGGCAGGTGCGCCGAGCAGGCAGAAGAGGATGAACa > 2:213059/1‑140 (MQ=255) cgcCATAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAg < 1:499280/140‑1 (MQ=255) aTAGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATc < 2:625238/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCT‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCa < 2:572585/140‑1 (MQ=255) | TCTTCGACCAGCGTCGGCGGCACTATTTTTGGTACCGGTTCAGCAGGGGGCGTAGCGGCAACGGTGCGCAACTGGTCGATCAACTCTTTACGCGAGGTGTCATTATCCAGCACATCCGCCAGTGCGCCATAGGCCGC‑‑TTTTTTTTGTTCGATATCCGGTTCCGGGGCCGGTTCAGTCGTTGAGTCCGTTGTCGTTGTGGTTGTAACGCCGGGTATGGATACCGCGTGGGCAGGTGCGCCCAGCAGGCAGAAGAGGATGAACAGGATCCA > NC_000913/845206‑845474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |