Predicted mutation
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RA	NC_000913	2,770,922	G→A	G81D (GGT→GAT)	yfjS →	CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS

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*	NC_000913	2,770,922	0	G	A	100.0%	60.5 / NA	28	G81D (GGT→GAT)	yfjS	CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (13/15);  total (13/15)

GACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA  >  NC_000913/2770786‑2770997                                                                                                                                         |                                                                            gACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATgg                                                                          <  2:613534/140‑1 (MQ=255) gACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATgg                                                                          >  1:665676/1‑140 (MQ=255)   ccTCACGCACCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCCGTCTTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCa                                                                        <  2:332745/140‑1 (MQ=18)     tCACGCCCCCGCGCTTCTGCGATGTGGTCAGTCGTAAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGt                                                                      <  2:310828/140‑1 (MQ=255)     tCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGt                                                                      >  2:667976/1‑140 (MQ=255)     tCACGCCCCCGCGCTTCAGCGAGGTGGTCAGTCGTCAGGATGATGTCAACGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGt                                                                      <  2:320120/140‑1 (MQ=255)      cACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGAACCCGTGAGTCACCCGATGGTAGCGAGGATGGCAGtt                                                                     >  1:310828/1‑140 (MQ=255)       ccGCCCCCGCGCTTCGGCGATGTGGACAGACGTCAGGCTGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTta                                                                    <  1:328422/139‑1 (MQ=18)              cgcgCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTActactac                                                             >  2:70014/1‑139 (MQ=255)                  cTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCtcg                                                         >  1:383452/1‑138 (MQ=255)                          aTGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATg                                                 <  1:736817/140‑1 (MQ=14)                             tgGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATgcag                                              >  2:604731/1‑140 (MQ=14)                                       tCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCg                                    >  1:605505/1‑140 (MQ=14)                                        cAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGt                                   <  1:70014/140‑1 (MQ=11)                                                     gCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCTGGCAAAAACCGTCCAGCCACtgatg                      >  1:299533/1‑140 (MQ=11)                                                      cGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACtgatga                     >  1:557611/1‑140 (MQ=11)                                                         agaaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACGACTACCTCGTGGGTATACAGGAAAAGACCGTCCAGCCATTGATGAATg                  >  2:324562/1‑140 (MQ=255)                                                           aaTGGTCTCAGGTTGGCTTCTCTTCTGGTCTCACCCTCCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:219880/140‑1 (MQ=11)                                                           aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:667976/140‑1 (MQ=11)                                                           aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:604731/140‑1 (MQ=11)                                                           aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:550718/140‑1 (MQ=11)                                                           aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:432538/140‑1 (MQ=11)                                                            aTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               <  2:41507/140‑1 (MQ=11)                                                               gTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGccact                          <  1:563009/126‑4 (MQ=11)                                                               gTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACt                          >  2:563009/1‑126 (MQ=14)                                                                   caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               >  2:488952/1‑133 (MQ=14)                                                                   caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               <  1:488952/133‑1 (MQ=11)                                                                     ggTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGTATATGCAGTAAAGAACTGTCCAGCCGCTGAAGAATGCGCTGTGTATTg      >  2:219880/1‑140 (MQ=11)                                                                         ggCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATGCGCTGTGTATTGCCGa  >  1:71781/1‑140 (MQ=11)                                                                                                                                         |                                                                            GACCTCACGCCCCCGCGCTTCAGCGATGTGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA  >  NC_000913/2770786‑2770997

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑