Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	2,770,951	G→C	E91Q (GAG→CAG)	yfjS →	CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	2,770,951	0	G	C	100.0%	22.7 / NA	17	E91Q (GAG→CAG)	yfjS	CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (8/9);  total (8/9)

TGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA  >  NC_000913/2770814‑2770997                                                                                                                                          |                                               tgGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATgcag                                              >  2:604731/1‑140 (MQ=14)           tCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCg                                    >  1:605505/1‑140 (MQ=14)            cAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGt                                   <  1:70014/140‑1 (MQ=11)                         gCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCTGGCAAAAACCGTCCAGCCACtgatg                      >  1:299533/1‑140 (MQ=11)                          cGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACtgatga                     >  1:557611/1‑140 (MQ=11)                             agaaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACGACTACCTCGTGGGTATACAGGAAAAGACCGTCCAGCCATTGATGAATg                  >  2:324562/1‑140 (MQ=255)                               aaTGGTCTCAGGTTGGCTTCTCTTCTGGTCTCACCCTCCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:219880/140‑1 (MQ=11)                               aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:550718/140‑1 (MQ=11)                               aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:604731/140‑1 (MQ=11)                               aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:667976/140‑1 (MQ=11)                               aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg                <  1:432538/140‑1 (MQ=11)                                aTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               <  2:41507/140‑1 (MQ=11)                                   gTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGccact                          <  1:563009/126‑4 (MQ=11)                                   gTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACt                          >  2:563009/1‑126 (MQ=14)                                       caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               <  1:488952/133‑1 (MQ=11)                                       caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc               >  2:488952/1‑133 (MQ=14)                                         ggTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGTATATGCAGTAAAGAACTGTCCAGCCGCTGAAGAATGCGCTGTGTATTg      >  2:219880/1‑140 (MQ=11)                                             ggCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATGCGCTGTGTATTGCCGa  >  1:71781/1‑140 (MQ=11)                                                                                                                                          |                                               TGGTCAGCCGTCAGGATGATGTCAGCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA  >  NC_000913/2770814‑2770997

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑