| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,770,971 | G→A | P97P (CCG→CCA) | yfjS → | CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,770,971 | 0 | G | A | 92.9% | 17.2 / NA | 14 | P97P (CCG→CCA) | yfjS | CP4‑57 prophage; inner membrane lipoprotein YfjS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (6/7); total (7/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA > NC_000913/2770838‑2770997 | gCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCTGGCAAAAACCGTCCAGCCACtgatg > 1:299533/1‑140 (MQ=11) cGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACtgatga > 1:557611/1‑140 (MQ=11) agaaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACGACTACCTCGTGGGTATACAGGAAAAGACCGTCCAGCCATTGATGAATg > 2:324562/1‑140 (MQ=255) aaTGGTCTCAGGTTGGCTTCTCTTCTGGTCTCACCCTCCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg < 1:219880/140‑1 (MQ=11) aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg < 1:432538/140‑1 (MQ=11) aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg < 1:550718/140‑1 (MQ=11) aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg < 1:604731/140‑1 (MQ=11) aaTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcg < 1:667976/140‑1 (MQ=11) aTGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc < 2:41507/140‑1 (MQ=11) gTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACt > 2:563009/1‑126 (MQ=14) caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc < 1:488952/133‑1 (MQ=11) caGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATgcgc > 2:488952/1‑133 (MQ=14) ggTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGTATATGCAGTAAAGAACTGTCCAGCCGCTGAAGAATGCGCTGTGTATTg > 2:219880/1‑140 (MQ=11) ggCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGATGGCAGTTACTACTACCTCGTGGATATGCAGGAAAAAACCGTCCAGCCACTGATGAATGCGCTGTGTATTGCCGa > 1:71781/1‑140 (MQ=11) | GCGAAGAATGGTCACAGGTTGGCTTCTCATCCGGTCTCACCCTGCAGGTCTTACGTACCCGTGAGTCGCCCGATGGTTGCGAGGGTGGCAGTTACTACTATCTGGTAGATATGGAGGAGAAAACCGTCCAGCCGCTGATGAATGCGCTTTGTATTGCCGA > NC_000913/2770838‑2770997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |