Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,925,689 | G→A | T114T (ACG→ACA) | queF → | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,925,689 | 0 | G | A | 96.9% | 102.9 / NA | 32 | T114T (ACG→ACA) | queF | 7‑cyano‑7‑deazaguanine reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (20/11); total (21/11) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTGTCGGTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTATCGATA > NC_000913/2925567‑2925822 | gCTGTCGGTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAg < 2:39802/140‑1 (MQ=255) gTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTgc > 1:585731/1‑140 (MQ=255) cATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCTAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTgcgc > 1:690341/1‑140 (MQ=255) cATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTgcgc < 2:113291/140‑1 (MQ=255) gTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCa > 2:557150/1‑140 (MQ=255) cacCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCg < 2:561973/140‑1 (MQ=255) gCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCg > 2:312507/1‑140 (MQ=255) cGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCATTTGAGCGCAGGGAAAGATTAGCGTGGCGt > 1:221330/1‑140 (MQ=255) cGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGt > 1:613079/1‑140 (MQ=255) aTTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGTTTAGCGGGGCGTTATATCGTCt > 1:260618/1‑140 (MQ=255) aTTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCt > 1:735290/1‑140 (MQ=255) agagTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTg > 2:732783/1‑140 (MQ=255) ctATCTCAACAGTTTTACCCAGGCGCGTTTTCATATCTGGGATGAGGTCCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGa < 2:260618/140‑1 (MQ=255) ctATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGa < 2:631756/140‑1 (MQ=255) tATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGAt > 2:492133/1‑140 (MQ=255) aCAGTTTTAACGAGACGAGTTTGAATAATTGGGATTAGGGGCGCCAGGGACTGGAGCGCTACTTAAGTACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCAt < 2:221330/140‑1 (MQ=255) tttAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTGTTGATGACCTGGAATGCCAGCCGATAGGTCATTTTaa > 1:311958/1‑140 (MQ=255) tttAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTaa > 1:577426/1‑140 (MQ=255) tttAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTaa > 1:539850/1‑140 (MQ=255) ttAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAAt > 2:714954/1‑140 (MQ=255) ttAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGCGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGGAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCATGATGAAGTGGTAGTCCAGCCGATAGGTCATTTTAAt > 1:189825/1‑140 (MQ=255) aCGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCTTCTTGATGGACTGGAACCCCA‑CCGAGAGGTATTTTTAATGGCACTTGc > 2:355569/1‑140 (MQ=255) aCGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTg > 1:179202/1‑140 (MQ=255) aCGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTg > 1:174091/1‑140 (MQ=255) ttttAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATtg < 2:735290/140‑1 (MQ=255) gtttAATAAAGGGGATAGGGTGGGCCAGACAGTGGTGCGGGACTTAAGAACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATtg < 2:328723/139‑1 (MQ=255) taataaCTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATtgatg < 2:577426/140‑1 (MQ=255) taataaCTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATtgatg < 1:566195/140‑1 (MQ=255) ataaCTGGGATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGAc < 2:179202/140‑1 (MQ=255) ggATGAGGTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGata > 1:617104/1‑140 (MQ=255) gTGCGCCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTAt > 1:602988/1‑140 (MQ=255) cgcCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTATCGa > 2:395534/1‑140 (MQ=255) cgcCAGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTATCGa < 2:585731/140‑1 (MQ=255) ctaGACACTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTATCGATa < 2:690341/138‑1 (MQ=255) | GCTGTCGGTCATGTTGAACTTGATTACACCAGCGTAAATCTGATTGAGTCGAAGAGTTTTAAGCTCTATCTCAACAGTTTTAACCAGACGCGTTTTAATAACTGGGATGAGGTGCGCCAGACGCTGGAGCGCGACTTAAGCACTTGCGCTCAGGGTAAGATTAGCGTGGCGTTATATCGTCTTGATGAACTGGAAGGCCAGCCGATAGGTCATTTTAATGGCACTTGCATTGATGACCAGGATATCACTATCGATA > NC_000913/2925567‑2925822 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |