| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,569,491 | A→G | pseudogene (494/921 nt) | rpnD → | truncated recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,569,491 | 0 | A | G | 98.4% | 208.0 / NA | 61 | pseudogene (494/921 nt) | rpnD | truncated recombination‑promoting nuclease‑like protein RpnD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (24/36); minor base C (1/0); total (25/36) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAGAT > NC_000913/4569355‑4569626 | ccGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAggcga < 1:137354/140‑1 (MQ=255) tGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTCGTGGATGCTACTGTCGTGCCAAGCGACgag > 2:361269/1‑140 (MQ=255) gCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACgaga < 1:74252/140‑1 (MQ=255) tttATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATtgtg < 1:140701/140‑1 (MQ=255) aTCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTgcag < 2:453300/140‑1 (MQ=255) aCGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCAt > 1:99897/1‑140 (MQ=255) cGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATc > 1:578953/1‑140 (MQ=255) ggTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCg < 2:540081/140‑1 (MQ=255) gTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGGTACTGTCATGCAAGCCGACGATATTGTGCAGCATCGc > 1:186383/1‑140 (MQ=255) tAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCg < 2:503777/140‑1 (MQ=255) aGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGATGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGc < 1:399841/140‑1 (MQ=255) aGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGc < 1:109955/140‑1 (MQ=255) gTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGATGAACTTGTCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGcc < 2:186383/140‑1 (MQ=255) tACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGtt < 1:106586/140‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGtt < 2:628433/140‑1 (MQ=255) tGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGtt > 1:409731/1‑140 (MQ=255) ggTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGc < 2:680547/127‑1 (MQ=255) ggTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGc > 1:680547/1‑127 (MQ=255) gTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGAATGTGCAGCATCGGAGAGACGCCCTGTTGGAGTTGa > 2:226355/1‑140 (MQ=255) gTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACCAGAGTTTACAGCATCGCAGAGCGGCCCTGTTGGAGTTGa > 2:334782/1‑140 (MQ=255) gTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGGGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGa > 2:506799/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCaaa > 2:630785/1‑140 (MQ=255) tgtgCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCaa > 1:623512/1‑140 (MQ=255) tgCTGGCTGGACGAACTTGCCGACCCGACTACCGCACAGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCaaaa < 1:220937/140‑1 (MQ=255) gctggctgGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCTGCATCGCAGAGGCGACCTGTTAGAGTTGATCCAAAAg > 1:358030/1‑140 (MQ=255) gctggACGAATTTTCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCata > 2:718930/1‑140 (MQ=255) gctggACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCata < 1:125769/140‑1 (MQ=255) aCGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGc < 2:477061/140‑1 (MQ=255) aCGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGc > 1:639866/1‑140 (MQ=255) tttGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAgcg < 1:642632/140‑1 (MQ=255) cccgacTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGa > 1:70037/1‑140 (MQ=255) cccgacTACCGCACGAAAGCTTAATCACGCCGCGTTCGCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGa < 1:361269/140‑1 (MQ=255) ccgacTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGAt < 1:575972/140‑1 (MQ=255) aCGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCg < 2:70037/140‑1 (MQ=255) gAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATc < 2:99897/140‑1 (MQ=255) aGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCaa < 1:569239/140‑1 (MQ=255) gCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAAc < 2:623512/140‑1 (MQ=255) cTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACt < 1:51532/140‑1 (MQ=255) tttATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTg < 2:409731/140‑1 (MQ=255) ttATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTgg < 1:519894/140‑1 (MQ=255) ttATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTgg < 2:475881/140‑1 (MQ=255) ttATAACGCCGCGTTCCCGCTGCTGGATGTTCCTGCCGTTCCAGGCGATGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTgg < 2:237509/140‑1 (MQ=255) tataACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGgt < 1:93772/140‑1 (MQ=255) taACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGgtag < 2:366451/140‑1 (MQ=255) gccgcGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTAtt < 1:540475/140‑1 (MQ=255) ccgcGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGgtag < 1:174906/135‑1 (MQ=255) ccgcGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGgtag > 2:174906/1‑135 (MQ=255) ccgcGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTAtt > 2:391795/1‑139 (MQ=255) ccgcGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTAtt < 1:391795/139‑1 (MQ=255) cgcgTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTAc > 1:452240/1‑140 (MQ=255) cgcgTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCAAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTAc < 1:630785/140‑1 (MQ=255) cgTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGTGGCGTACCGATCAGCTGGTAGTATTACTg > 1:237509/1‑140 (MQ=255) cgTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAG‑TGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGTGCTGATCGATCAAGTGGTAGTATTACTgg > 1:309869/1‑140 (MQ=255) cGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACa < 2:578953/140‑1 (MQ=255) cTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACaga < 2:547827/140‑1 (MQ=255) ggtggATGTTACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAgt < 2:25866/140‑1 (MQ=255) ttACTGTCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGTAGCATCGGAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAAt < 1:334782/140‑1 (MQ=255) tCGTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGGATTACTGGGTACAGAGTGTGCTAATGACAGc > 2:331591/1‑140 (MQ=255) gTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCa > 2:146779/1‑140 (MQ=255) gTGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTAGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTTCTGTTTACAGAGTATGCTAATGACAGCCa > 1:356189/1‑140 (MQ=255) tGCCAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAg > 2:706736/1‑140 (MQ=255) ccAGGCGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAGAt > 1:1822/1‑140 (MQ=255) | CCGATGCTATTTTATCACGGTAGCCGTAGTCCTTACCCCTGGTCCCTGTGCTGGCTGGACGAATTTGCCGACCCGACTACCGCACGGAAGCTTTATAACGCCGCGTTCCCGCTGGTGGATGTTACTGTCGTGCCAGACGACGAGATTGTGCAGCATCGCAGAGTCGCCCTGTTGGAGTTGATCCAAAAGCATATTCGCCAGCGCGATCTGATGGGGCTTATCGATCAACTGGTAGTATTACTGGTTACAGAGTGTGCTAATGACAGCCAGAT > NC_000913/4569355‑4569626 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |