Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 655,867 | A→G | G34G (GGT→GGC) | dcuC ← | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 655,867 | 0 | A | G | 97.4% | 135.8 / NA | 39 | G34G (GGT→GGC) | dcuC | anaerobic C4‑dicarboxylate transporter DcuC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (14/24); total (15/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTAA > NC_000913/655730‑655998 | ccGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGgccgcc > 2:515844/1‑140 (MQ=255) ggTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCTATACTGGGACTGATAAGCAGCGATAACAGGCCGCCGACa > 2:193821/1‑140 (MQ=255) ggTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACa < 1:528426/140‑1 (MQ=255) cgccgccgcGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAAt < 1:579627/140‑1 (MQ=255) gccgccgcGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATa > 2:381326/1‑140 (MQ=255) ccgccgcGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATaa > 2:92591/1‑140 (MQ=255) cgGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACAcc > 2:154826/1‑140 (MQ=255) gCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAg < 1:381326/140‑1 (MQ=255) gCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAg < 1:548705/140‑1 (MQ=255) gCTCATTAGTAATATTTAAACGCATTCAACGTTATTCGTAGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAg < 2:288157/140‑1 (MQ=255) tCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTg < 2:458554/140‑1 (MQ=255) tAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATA‑‑ACACCAGTGGCGGaa < 1:405139/140‑1 (MQ=255) gagacagtttAACGTCTTCAACTATCTCCATGGCGCTCTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGaa < 1:207733/133‑1 (MQ=255) gTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGaa < 1:92591/140‑1 (MQ=255) gTAATATGTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGaa < 2:41391/140‑1 (MQ=255) atatTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATa < 1:385842/139‑1 (MQ=255) atatTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATa > 2:385842/1‑139 (MQ=255) ttttAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATAc > 1:518458/1‑137 (MQ=255) ttttAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATAc < 2:518458/137‑1 (MQ=255) ttttAACGTATTCAACGATATCCGTGGAGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATAAGCAATAAGAGGCCACCGACAAATAACACAGAAGTGGCGGAATACCCt > 2:353409/1‑140 (MQ=255) cAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGACCGCCGACGAATGACAGACCAGTGGAGGAAGACCCTTTAatctgtctc > 2:207733/1‑133 (MQ=255) gATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGC‑‑AATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCt < 2:133796/140‑1 (MQ=255) tatCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCt < 1:4835/140‑1 (MQ=255) atCCGTGGCGCTGTAACCTGTTAAACCCTCGCTGGACCGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTa < 1:193821/140‑1 (MQ=255) tCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTac > 2:59640/1‑140 (MQ=255) tGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACAccc < 2:390901/140‑1 (MQ=255) tGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACCCTTTTGGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACaa < 1:418767/140‑1 (MQ=255) tGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACCCTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACaa < 1:353409/140‑1 (MQ=255) tGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGCGCCTCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACaa < 2:262442/140‑1 (MQ=255) tggctggACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAg < 1:59640/140‑1 (MQ=255) tgtgCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAACAACCACAACCCGAAAAAGGAGATCAATGAATGTCAGc > 1:236039/1‑140 (MQ=255) tgCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATATCCACAACCCCAGTACGGAGCTGAATGAATGTCAGCAt > 1:302292/1‑140 (MQ=255) ccATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAAtt < 2:524878/140‑1 (MQ=255) ccATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAAtt > 2:498042/1‑140 (MQ=255) cATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAAttt > 1:688644/1‑140 (MQ=255) aTAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAGCCCCAATAAGGGGCGCAATGAGTGTCAGCATAAtttt > 1:206174/1‑140 (MQ=255) ggCACTGATAATCAGCAATAACGGGCCGCCGACAACTAACACACCAGTAGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTg < 2:302292/140‑1 (MQ=255) gATAATCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCa < 1:664770/140‑1 (MQ=255) tCAGCAATAACAGGCCGCCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGccc > 1:626806/1‑140 (MQ=255) aGCAATAACAGGCCGCCCACAAATAACACACCAGTCGCGGAATACCCTATAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCa < 2:236039/140‑1 (MQ=255) aaCAGGCCGCCGACAAACAACAAACCAGTGGCGGACTACTCTTTAATGCTGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTaa < 2:206174/140‑1 (MQ=255) | CCGAGGTCGCCGCCGCGGCTCATTAGTAATATTTTAACGTATTCAACGATATCCGTGGCGCTGTAGCCTGTTGAAGCCTGGCTGGACGGTAACACTTTGTGCCCCATAATGGCACTGATAATCAGCAATAACAGGCCACCGACAAATAACACACCAGTGGCGGAATACCCTTTAATGATGTAGCGAGCTACACCCACAATAACCACAACCCCAATAAGGAGCTCAATGAATGTCAGCATAATTTTTCCTGTCTCCAGGCCCCAAAGTAA > NC_000913/655730‑655998 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |