| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,178,196 | A→G | M293V (ATG→GTG) | lolE → | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,178,196 | 0 | A | G | 98.0% | 173.0 / NA | 50 | M293V (ATG→GTG) | lolE | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (30/19); minor base T (0/1); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TATATTAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAT > NC_000913/1178067‑1178329 | tataTTAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAAAATCATCGCCACCTTAGTGGTGGCGGTGaa > 1:248698/1‑140 (MQ=255) atatTAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGCCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGaaa > 1:280891/1‑140 (MQ=255) atTAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGa > 1:22293/1‑140 (MQ=255) ttAAACGCTGGATTGGTCCTTACGGCTATATTTATTGCGGTATCCAAAAGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGAc < 2:248698/140‑1 (MQ=255) tAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACa < 1:702074/140‑1 (MQ=255) aaGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAaga > 1:108178/1‑140 (MQ=255) aTTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGa < 2:22293/140‑1 (MQ=255) gTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATc > 2:612634/1‑140 (MQ=255) gTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTAAAAGACAAGAGTGGCGATATc < 2:87999/140‑1 (MQ=255) tACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCg < 2:108178/140‑1 (MQ=255) tACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGt > 1:439839/1‑140 (MQ=255) ggCTATATGTATCGCGATATCCAAACGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTAtt < 1:309904/140‑1 (MQ=255) tATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCt < 2:24408/140‑1 (MQ=255) aTCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAGAGACAAGTGTGTCGATATCGCTGTATTAAGAACGCTg > 1:230899/1‑140 (MQ=255) tCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTgg > 1:95968/1‑140 (MQ=255) cgcgATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTggg > 1:484037/1‑140 (MQ=255) cgcgATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTggg > 1:592275/1‑140 (MQ=255) cgcgATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGGGGCGATTTCGCAGGATTAAGAACGCTggg > 1:207486/1‑140 (MQ=255) ccGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTaa > 1:368788/1‑140 (MQ=255) ccGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAAAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTaa > 2:719440/1‑140 (MQ=255) gcCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTcg < 1:719440/140‑1 (MQ=255) gTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGTCCTGTTTGAACATCGTATCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGCACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCt < 2:244638/140‑1 (MQ=255) gTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCt < 2:368788/140‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt > 1:54679/1‑140 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt > 2:571203/1‑140 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt < 2:54679/140‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt < 2:377582/140‑1 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt > 1:377582/1‑140 (MQ=255) cTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGt < 2:373772/140‑1 (MQ=255) tGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTc < 1:612634/140‑1 (MQ=255) ggCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCt > 1:487330/1‑140 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCgcgc < 2:592335/128‑1 (MQ=255) gCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCgcgc > 1:592335/1‑128 (MQ=255) gATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGAGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGt > 2:309328/1‑140 (MQ=255) tACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGa > 2:116075/1‑140 (MQ=255) tGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTg > 1:385044/1‑140 (MQ=255) gTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCt > 1:68497/1‑140 (MQ=255) tGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTGATTCGCGACATATTTGTCTGGAATGGATTGCTGGCAg > 1:195678/1‑140 (MQ=255) tGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGc > 1:139477/1‑134 (MQ=255) tGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGc < 2:139477/134‑1 (MQ=255) gCGTGGCCTGTTTCAATATCGTATCCACCTTAGTGTTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAggg < 2:331932/140‑1 (MQ=255) cGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGc > 1:693914/1‑140 (MQ=255) gTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCt > 2:110087/1‑140 (MQ=255) tGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCGTTGACTCGTATGGATTGCTGGCAGGGCTg > 1:348282/1‑140 (MQ=255) tttCAACATCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCa > 1:68115/1‑140 (MQ=255) aCATCGTCTCCACCTTATTGGTTGCGGTGAGAGACCAGATTGGCGATACCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtg < 2:348282/140‑1 (MQ=255) aTCGTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCtgtg < 2:120205/140‑1 (MQ=255) gTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtgg > 2:645176/1‑140 (MQ=255) gTCTCCACCTTAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGGATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTgtgtgg > 1:81097/1‑140 (MQ=255) ttAGTGGTGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAt < 2:538324/140‑1 (MQ=255) | TATATTAAAAGCTGGATTGGTACTTACGGCTATATGTATCGCGATATCCAAATGATCCGCGCCATTATGTATCTGGCGATGGTACTGGTGATTGGCGTGGCCTGTTTCAACATCGTCTCCACCTTAGTGATGGCGGTGAAAGACAAGAGTGGCGATATCGCAGTATTAAGAACGCTGGGGGCGAAAGATGGTTTAATTCGCGCCATCTTTGTCTGGTATGGATTGCTGGCAGGGCTGTTCGGCAGCCTGTGTGGTGTGATTAT > NC_000913/1178067‑1178329 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |