| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,602,017 | (C)7→8 | coding (200/2019 nt) | hyfB → | hydrogenase 4 component B |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,602,010 | 1 | . | C | 91.8% | 155.9 / 5.8 | 50 | coding (193/2019 nt) | hyfB | hydrogenase 4 component B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/3); new base C (23/22); total (25/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.09e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAC > NC_000913/2601880‑2602135 | gCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACAAGCTGGTGCAACCTTCGTCGCCAGTTTTG‑cc > 1:289299/1‑133 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAAt > 1:445155/1‑133 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCGGGTGTAACTTTAGTCGGCCGTTTTGACCCC‑ACC‑TTTTGAAt > 2:164294/1‑133 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCCGGTGTAACGTTAATCGCCCGTTTTG‑GCCC‑CCC‑tttttgaat > 2:224630/1‑128 (MQ=255) gTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCAGGTGTAACGTTATTCGGCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAAt > 2:249436/1‑133 (MQ=255) cTGGACAGCCTGGCTGTTTAGCTTTCCGGCTTCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAAttt < 1:274329/133‑1 (MQ=255) ggACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGc > 1:619430/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGAttt > 2:491556/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGAttt > 1:462134/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGAttt > 1:48814/1‑133 (MQ=255) aCTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGAttt > 1:580997/1‑133 (MQ=255) cTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAAccc > 1:558453/1‑133 (MQ=255) aGCTTTCCGGAATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGaa < 2:241574/133‑1 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATgg > 2:86676/1‑133 (MQ=255) tttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATgg > 1:58159/1‑133 (MQ=255) ttCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGa < 1:560140/133‑1 (MQ=255) tCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGAt > 1:94058/1‑133 (MQ=255) cacaTCGCAGGTGGGGGGTGTGCTTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCtctc < 1:267424/133‑1 (MQ=255) caTCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCgg > 2:379592/1‑133 (MQ=255) cTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCAttt < 2:580997/133‑1 (MQ=255) ggcggcGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTg < 1:86676/133‑1 (MQ=255) gTGATTGGCATCATCGGCTGAAATACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGtt < 1:206965/133‑1 (MQ=255) gATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTAt < 2:94058/133‑1 (MQ=255) tcatcaGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGc < 1:491556/133‑1 (MQ=255) aGCGGAATTACGCAAATATATGCTGGTGTATCTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCC‑CCCTTTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCtggtg < 1:224630/133‑1 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGttt > 1:573499/1‑133 (MQ=255) ttACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGttt < 2:556451/133‑1 (MQ=255) aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:430491/133‑1 (MQ=255) aCGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGt < 2:462134/133‑1 (MQ=255) gCAATTACATGCTGGTGTAACTTTTGGCGCCCGTTTTG‑CCCCTCCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 2:289299/133‑1 (MQ=255) gCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtc < 2:445155/133‑1 (MQ=255) cAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtct > 1:118678/1‑133 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc < 2:58159/133‑1 (MQ=255) ttACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTtctctc > 2:351641/1‑133 (MQ=255) tGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTc < 1:351641/133‑1 (MQ=255) gCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCa < 2:118678/133‑1 (MQ=255) gCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTCTTG‑CCCCTCCC‑TTTTGGATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCa < 2:203843/133‑1 (MQ=255) cTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCAt < 2:619430/133‑1 (MQ=255) ggTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTg < 2:573499/133‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTATTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAt > 2:396951/1‑126 (MQ=255) gtgtAACTTTATTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTAt < 1:396951/126‑1 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGa > 1:340055/1‑133 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGa > 1:126915/1‑133 (MQ=255) gtgtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGa > 1:612751/1‑133 (MQ=255) gtAACTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACt < 2:48814/133‑1 (MQ=255) aaCTTTAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTta > 1:427619/1‑133 (MQ=255) tttAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGCATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTatat < 1:164294/133‑1 (MQ=255) ttAGTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATg > 2:111029/1‑133 (MQ=255) gTCGCCCGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATgcgc > 2:4166/1‑133 (MQ=255) ccGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATa > 1:640809/1‑133 (MQ=255) cGTTTTGCCCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAc < 2:2578/133‑1 (MQ=255) | GCTGTTTTTACTCGGTCTGGACAGACTGGCTATTAAGCTTTCCGGCATCACATCGCTGGTGGGCGGCGTGATTGGCATCATCAGCGGAATTACGCAATTACATGCTGGTGTAACTTTAGTCGCCCGTTTTG‑CCCC‑CCC‑TTTTGAATTTGCCGATTTAACCCTGCGAATGGATAGCCTCTCGGCATTTATGGTGCTGGTTATCTCCTTGCTGGTGGTGGTTTGTTCTCTCTATTCATTGACTTATATGCGCGAATAC > NC_000913/2601880‑2602135 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |