| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,180,739 | (G)6→7 | coding (529/789 nt) | ycfZ ← | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,180,733 | 1 | . | G | 97.3% | 128.4 / ‑3.2 | 37 | coding (535/789 nt) | ycfZ | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base G (17/19); total (17/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 | |||||||||||
CCATATTGGCAATAGTCATCGCCACTGCAAATTTTAACGCATAAATAAAACGAGTCGTGTAGTAAAAGATCCTGGAAAATAAGATAAACGTCGCAGCCCAGGCGATAAAACCTAATGTGTTGGTGCTGCC‑‑GGG‑GGG‑AGCATTTTCATGCTGTTGTCCTGGATGCGGATAATACGTTAGTGGCGGCGTCGATTGTTTTAATATCTGTGCTTGTAGAACAGCCAATGCATTATTGATTCCCTGATACCAGAGATCTGCAT > NC_000913/1180604‑1180861 | cgatatTGGCTATAGCCATCGCCCCTGCAAATTTTAACGCATAAATAAAACGAGTCGTGTAGTAAAAGATCCTGGAAAATAAGATAAACGTCGCAGCCCAGGCGATAAAACCTAATGTGTTGGTGCTGCC‑‑ggg < 2:301359/131‑1 (MQ=255) atTGGCAATAGTCATCGCCACTGCAAATTTTAACGCATAAATAAAACGAGTCGTGTAGTAAAAGATCCTGGAAAATAAGATAAACGTCGCAGCCCAGGCGATAAAACCTAATGTGTTAGTGCTGGC‑‑ggg‑gggg > 1:184083/1‑132 (MQ=255) cAATAGTCATCGCCACTGCAAATTTTAACGCATAAATAAAACGAGTCGTGTAGTAAAAGATCCTGGAAAATAAGATAAACGTCGCAGCCCAGGCGATAAAACGTAATGTGTTGGCGCAGCC‑‑GGGCGGG‑AGCAt > 1:301359/1‑133 (MQ=255) cAATAGTCATCGCCACTGCAAATTTTAACGCATAAATAAAACGAGTCGTGTAGTAAAAGATCCTGGAAAATAAGATAAACGTCGCAGCCCAGGCGATAAAACCTAATGTGTTGGTGCTGCCG‑GGG‑GGG‑AGCAt > 2:530499/1‑133 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |